Spółka wystąpiła o udzielenie interpretacji co do możliwości uzyskania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w terminie 25 dni. Uważała, że może domagać się przyśpieszonego zwrotu także wtedy, gdy faktura została zapłacona w drodze potrącenia wzajemnych wierzytelności.
W ocenie spółki warunek uznania faktury dokumentującej kwotę należności za zapłaconą w całości jest spełniony nie tylko w przypadku fizycznego przekazania środków pieniężnych, ale także wtedy, gdy zamiast faktycznej (rzeczowej, fizycznej) zapłaty należności pomiędzy podatnikiem i wystawcą faktury dochodzi do wzajemnego potrącenia wierzytelności, wskutek którego wygasa obowiązek zapłaty wynikający z transakcji udokumentowanej fakturą.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. Przypomniał, że na wniosek podatnika podstawowe terminy zwrotów VAT mogą być skrócone (do 25 dni) m.in. w sytuacji, gdy opłacono wszystkie faktury lub dokumenty celne dokumentujące zakupy rozliczone w deklaracji VAT-7, a jednocześnie zapłata spełniała warunki określone w art. 22 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Przepis ten nakłada na przedsiębiorców wymóg realizowania lub przyjmowania płatności związanych z wykonywaną działalnością za pośrednictwem rachunku bankowego. Dotyczy on każdego przypadku, gdy stroną transakcji, z której wynika płatność, jest inny przedsiębiorca, a jednorazowa wartość transakcji, bez względu na liczbę wynikających z niej płatności, przekracza równowartość 15 000 euro. Urzędnicy podkreślali, że regulacja ta zawiera ograniczenia co do formy zapłaty przez przedsiębiorców i nie odnosi się do zapłaty w formie potrącenia wzajemnych wierzytelności.
W konsekwencji fiskus uznał, że potrącenie nie daje prawa do przyspieszonego zwrotu VAT.
Spółka zaskarżyła interpretację, ale jej skarga okazała się bezskuteczna. WSA w Opolu odwołał się do wyroku Naczelnego Sądu Administracyjny z 30 listopada 2015 r. (I FSK 1292/14). Stwierdzono w nim, że zapłata kwoty wynikającej z faktury przez potrącenie wierzytelności nie pozwala na uzyskanie przyspieszonego zwrotu podatku na podstawie art. 87 ust. 6 pkt 1 ustawy o VAT.