W grudniu 2015 r. podatnik złożył korekty deklaracji VAT-7. Wyjaśnił, że przyczyną korekty była zmiana stawki VAT z 8 proc. na 5 proc. na niektóre sprzedawane przez niego produkty. Uznał bowiem, że część czynności jest dostawą gotowych posiłków i dań mieszczących się grupowaniu PKWiU 10.85.1, niebędących produktami o zawartości alkoholu powyżej 1,2 proc. Dostawa taka powinna być opodatkowana stawką VAT w wysokości 5 proc. W wyniku zmiany rozliczenia zwiększyła się nadwyżka podatku naliczonego nad należnym do zwrotu. Uzasadniając swoje stanowisko podatnik powołał się m.in. na orzecznictwo Trybunału Sprawiedliwości UE (TSUE).
Fiskus uznał prawo do zastosowania stawki 5 proc. dla sprzedaży gotowych posiłków przeznaczonych do bezpośredniej konsumpcji. Stwierdził jednak, że nie ma podstaw do wystawienia faktur korygujących w odniesieniu do transakcji, które zostały udokumentowane paragonami, z uwagi na brak faktur pierwotnych.
Urzędnicy tłumaczyli, że podatek obliczony według błędnej stawki był wliczony w cenę usługi, którą zapłacili nabywcy. Ekonomiczny ciężar opodatkowania został zatem poniesiony przez ostatecznych konsumentów, a nie podatnika. Ponieważ żadnemu z nabywców nie zwrócono kwot nienależnie zapłaconego podatku, zwrot podatku doprowadziłby do bezpodstawnego wzbogacenia strony. Na poparcie swojego stanowiska organ powołał się na uchwałę NSA z 22 czerwca 2011 r. (GPS 1/11).
Organ odwoławczy uznał to rozstrzygnięcie za prawidłowe, choć odwołał się do innej argumentacji. Jego zdaniem podatnik w ogóle nie miał prawa do korekty stawki podatku. Powołał się na interpretację ogólną ministra finansów z czerwca 2016 r. w sprawie właściwej stawki VAT dla sprzedaży posiłków i dań przez placówki gastronomiczne. Jego zdaniem, dla określenia prawidłowej stawki w spornym przypadku należy prawidłowo zaklasyfikować tę czynność wg PKWiU. Na sposób opodatkowania tych produktów nie ma natomiast wpływu to, czy w świetle orzecznictwa TSUE ich sprzedaż na terytorium kraju będzie traktowana jako świadczenie usług czy jako dostawa towarów.
Podatnik zaskarżył to rozstrzygnięcie i wygrał. WSA w Bydgoszczy zgodził się co prawda, że skoro ustawodawca przy wyznaczaniu zakresu stosowania obniżonej stawki posłużył się klasyfikacją statystyczną, to nie można jej zupełnie pomijać. Niemniej w jego ocenie w spornej sprawie w pierwszej kolejności należało ustalić, czy mamy do czynienia z dostawą, czy z usługą.