Przewoźnicy zagraniczni, realizując swoje zlecenia, transportują towary m.in. przez terytorium Polski, gdzie niejednokrotnie nabywają towary (głównie paliwo) związane ze świadczonymi przez siebie usługami. Koszt paliwa jest największym kosztem ich działalności, więc wartość VAT naliczonego na tych nabyciach jest znaczna i niejednokrotnie decyduje o opłacalności danego zlecenia.
Skutki zmiany miejsca świadczenia
Sytuacja zagranicznych przewoźników diametralnie zmieniła się w roku 2010, kiedy to zmieniono przepisy dotyczące ustalenia miejsca świadczenia w zakresie usług transportowych. Większość tych podmiotów przed 1 stycznia 2010 r. była zarejestrowana jako podatnicy VAT w Polsce i rozliczała podatek z tytułu świadczonych przez siebie usług (w związku z tym, że przed rokiem 2010 miejscem świadczenia usług transportowych było miejsce, gdzie odbywał się transport, z uwzględnieniem pokonanych odległości). Dlatego od 1 stycznia 2010 roku zagraniczni przewoźnicy w zasadniczej części nie wykonywali czynności opodatkowanych na terytorium Polski (miejscem świadczenia usług transportowych jest miejsce siedziby działalność gospodarczej kontrahenta, które znajdowało się najczęściej poza Polską). Po 31 grudnia 2009 roku większość z nich pozostała jednak zarejestrowana dla celów VAT w Polsce, a w konsekwencji nie mogli ubiegać się o zwrot VAT w trybie art. 89 ust. 1 pkt 3 oraz ust. 1a–1g ustawy o VAT (tj. na podstawie rozporządzenia, w procedurze zwrotu VAT dla podmiotów zagranicznych niezarejestrowanych dla VAT w Polsce; z tym, że czym innym jest prawo do zwrotu VAT przez podmioty zagraniczne, a czym innym prawo do odliczenia VAT naliczonego). Tym samym, w celu zachowania zasady neutralności, jedynym możliwym trybem ubiegania się o zwrot VAT był tryb przewidziany dla zarejestrowanych podatników VAT (poprzez odliczenie VAT naliczonego w deklaracji VAT-7). Organy podatkowe kwestionowały jednak prawo do odliczenia podatku wskazanego w składanej deklaracji VAT-7.
Wykładnia NSA
Przełomowa w tym zakresie była uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z 12 października 2015 r. (I FPS 1/14), w której uznano, że wymóg w postaci braku rejestracji jest sprzeczny z prawem unijnym, a tym samym podmioty zagraniczne niewykonujące czynności opodatkowanych na terytorium Polski mogą ubiegać się o zwrot wyłącznie na podstawie rozporządzenia.
Pomimo iż uchwała teoretycznie kwestionowała błędną implementacje przepisów Trzynastej Dyrektywy, to dla sporej części przewoźników z Ukrainy, Białorusi czy Rosji oznaczało to de facto uniemożliwienie uzyskania zwrotu VAT na podstawie rozporządzenia, gdyż procedura zwrotu wskazana w rozporządzeniu opiera się na zasadzie wzajemności.
Przedstawiona przez NSA wykładnia przepisów powinna dotyczyć jednak wyłącznie podatników, którzy pozostali zarejestrowani dla celów VAT po 31 grudnia 2009 r., ale nie wykonują jakichkolwiek czynności opodatkowanych na terytorium Polski. W konsekwencji należy zadać pytanie: co w sytuacji, gdy zagraniczni przewoźnicy świadczą usługi na rzecz polskich kontrahentów (których miejscem siedziby działalności gospodarczej jest Polska) lub gdy przewoźnik zagraniczny zarejestrowany dla celów VAT realizuje sprzedaż towarów na terytorium Polski lub świadczy inne usługi, w stosunku do których to on jest odpowiedzialny za rozliczenie VAT?