Na wstępie należy podkreślić, że kwestie związane z komisem zostały odmiennie uregulowane w prawie cywilnym i w prawie podatkowym, co w praktyce często prowadzi do powstawania wątpliwości u podatników co do poprawnego sposobu rozliczenia VAT od umów komisu konstruowanych według przepisów prawa cywilnego. Prawo cywilne wskazuje na usługowy charakter relacji łączącej komisanta i komitenta. Natomiast z przepisów ustawy o VAT wynika, że zdarzenia wykonywane w ramach umowy komisu mają charakter następujących po sobie dostaw towarów. W przypadku komisu zakupu (będącego przedmiotem sporu) są to dostawy między podmiotem trzecim (sprzedającym towar) a komisantem oraz między komisantem a komitentem.
W związku z tym NSA słusznie zauważył, że nie należy traktować umowy komisu jako umowy mającej dwojaki skutek na gruncie VAT (dostawa towarów i świadczenie usługi). Skoro dla celów VAT ustawodawca wyraźnie uznaje transakcje dokonywane w ramach umowy komisu za dostawy towarów, to czynności te nie mogą mieć jednocześnie natury usługi.
Z omawianego wyroku wynikają bardzo istotne, praktyczne konsekwencje dla podatników operujących w ramach uzgodnień komisowych. Przede wszystkim zgodnie z komentowanym wyrokiem nieprawidłowe jest dokumentowanie prowizji komisanta poprzez wystawienie przez pośrednika faktury „usługowej". Taka faktura nie dawałaby prawa do odliczenia VAT przez komitenta, nawet gdyby była związana z czynnościami opodatkowanymi VAT u nabywcy. Również wystawca takiej nieprawidłowej faktury mógłby ponieść konsekwencje przewidziane dla tzw. pustych faktur, w szczególności konieczność zapłaty VAT z faktury oraz ryzyko kar na podstawie kodeksu karnego.
W praktyce, wątpliwości mogą występować również w przypadku komisów transgranicznych. W innych krajach UE praktyka dokumentowania usług komisanta może być odmienna od potwierdzonej w omawianym wyroku. W takich sytuacjach polscy podatnicy powinni zwrócić szczególną uwagę na prawidłowość rozliczeń w tym zakresie.
Komentowane zagadnienie nie ogranicza się wyłącznie do umowy komisu. Podobne problemy mogą się również pojawić w przypadku pośrednictwa w świadczeniu usług (np. usług elektronicznych), dla których stosuje się domniemanie, że pośrednik nabywa i odsprzedaje daną usługę. W szczególności, wątpliwość może pojawić się w kwestii wystawienia odrębnej faktury z tytułu takiego pośrednictwa.
