W sprawie chodziło o zwolnienie z VAT dla usług medycznych. We wniosku o interpretację spółka wyjaśniła, że świadczy usługi w zakresie opieki medycznej, służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia. Swoim pacjentom oferuje m.in. możliwość wykonania badań w Belgii oraz w Niemczech. Nabywa je od duńskich i niemieckich firm medycznych, które wykonują badania laboratoryjne z materiałów biologicznych pacjentów. Próbki pobiera spółka i przesyła do miejsc wykonywania badań. Podkreśliła, że w Polsce badania te klasyfikowane są jako służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia. Jednak kontrahenci zagraniczni nie posiadają siedziby ani stałego miejsca prowadzenia działalności w naszym kraju, nie są też zarejestrowani dla celów VAT i nie figurują w rejestrze podmiotów leczniczych. Robią jednak badania i przesyłają ich wyniki do siedziby spółki wraz z fakturą (rachunkiem).
Podatniczka tłumaczyła, że jedynie na podstawie tych wyników może postawić diagnozę i przygotować terapię dla pacjentów. Zapytała, czy usługa laboratoryjna służąca profilaktyce i ochronie zdrowia, która w Polsce podlegająca zwolnieniu z VAT, jest objęta preferencją także wtedy, gdy jest nabywana od firmy z innego państwa unijnego.
Sama uważała, że nie ma przeszkód, aby zwolnienie stosować. W przeciwnym razie doszłoby do ograniczenia kilku ważnych zasad unijnych, w tym swobodnego przepływu usług, konkurencyjności, niedyskryminacji, wspólnego rynku oraz neutralności VAT.
Ta argumentacja nie przekonała fiskusa. Zauważył, że nabycie usług badania krwi i moczu, świadczonych przez kontrahentów, nieposiadających na terenie Polski siedziby i stałego miejsca prowadzenia działalności, z innych krajów UE, wiąże się z obowiązkiem rozpoznania importu usług (art. 17 ust. 1 pkt 4 w zw. z art. 2 pkt 9 ustawy o VAT). Jednak nie ma podstaw prawnych, aby uznać, że korzystają one ze zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT. W ocenie urzędników, choć badania zmierzają do zdiagnozowania (ustalenia lub wykluczenia) wystąpienia określonych chorób, to zwolnienie opiera się też na kryterium podmiotowym, odnoszącym się do charakteru podmiotu, który określone usługi świadczy. Tylko łączne spełnienie obu kategorii kryteriów uprawnia do skorzystania ze zwolnienia od podatku. W spornej sprawie usługi świadczą kontrahenci z innych krajów UE, zatem z definicji nie mogą spełnić wymogów podmiotowych, tj. wykonywać swoich usług w ramach działalności leczniczej jako podmioty lecznicze w rozumieniu krajowej ustawy o działalności leczniczej.
Spółka nie zgodziła się z taką wykładnią przepisów i wygrała. Najpierw rację przyznał jej Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, a ostatecznie też Naczelny Sąd Administracyjny. Przypomniał, że nie ma sporu, że usługi nabywane przez spółkę od podmiotów z Danii oraz Niemiec na rzecz pacjenta to usługi pozostające w zakresie opieki medycznej, służącej profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu i poprawie zdrowia. Czyli nie ma wątpliwości, że spełniona została przesłanka przedmiotowa zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT. Przepis ten jest implementacją art. 132 ust. 1 lit b dyrektywy 112. Jak tłumaczył NSA, celem zwolnienia od podatku usług medycznych jest niewątpliwie zmniejszenie kosztów świadczenia tego rodzaju usług, a w konsekwencji spowodowanie większej ich dostępności i powszechności.
