Fiskus ustalił, że podatnik w 2008 r. prowadził dwie działalności, tj. gospodarstwo rolne oraz firmę handlowo-usługową. Zarzucił, że podatnik, korzystając ze statusu rolnika ryczałtowego zwolnionego i będąc jednocześnie czynnym podatnikiem VAT w działalności gospodarczej, zawyżał w niej podatek należny i naliczony.
Przedsiębiorca nie zgodził się z tym zarzutem. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku przekonywał, że w spornym okresie, na podstawie obowiązujących przepisów, istniała możliwość zachowania statusu rolnika ryczałtowego, z jednoczesnym prawem do odliczenia podatku naliczonego związanego z zakupami towarów i usług wykorzystywanych do prowadzenia działalności gospodarczej.
Czytaj także: Rezygnacja ze zwolnienia z VAT możliwa także u notariusza
Gdański WSA nie uwzględnił jednak jego skargi. Zgodził się, że prowadzący gospodarstwo rolne, korzystający ze zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 3 ustawy o VAT, może prowadzić pozarolniczą działalność gospodarczą i korzystać z uprawnień, jakie ma podatnik VAT. Ale podkreślił, że dotyczy to wyłącznie transakcji niezwiązanych z działalnością rolniczą. Natomiast wszystkie usługi, noszące znamiona usług rolniczych, korzystają ze zwolnienia. W konsekwencji, zdaniem sądu, skarżący nie miał prawa do odliczenia podatku naliczonego z tytułu zakupów na potrzeby działalności rolniczej (zwolnionej od podatku). Odliczenie podatku naliczonego przysługuje wyłącznie w związku ze sprzedażą opodatkowaną. O tym, czy sprzedaż powinna być opodatkowana czy nie, nie przesądza zakres usług znajdujący się we wpisie do ewidencji działalności gospodarczej ani sposób, w jaki kwalifikuje ją podatnik. Istotny jest jedynie charakter działalności, a jego ocena następuje na podstawie obiektywnych przesłanek.
Racji podatnikowi nie przyznał też Naczelny Sąd Administracyjny. Po analizie przepisów zauważył, że rolnik ryczałtowy może zrezygnować ze zwolnienia od VAT, którym objęte są dokonywane przez niego dostawy produktów rolnych pochodzących z działalności rolniczej i usługi rolnicze. A to oznacza, że nie może jednocześnie korzystać ze zwolnienia i opodatkowywać dostaw i usług związanych z tą działalnością. Krótko mówiąc, albo korzysta z tego zwolnienia, albo z niego rezygnuje.