Tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 4 października 2017 r. (I FSK 1911/15).
Skarżący prowadzi działalność gospodarczą (bank), w ramach której zawiera umowy z funduszami inwestycyjnymi, otwiera i prowadzi rachunki papierów wartościowych. Wnioskodawca rozlicza transakcje kupna i sprzedaży papierów wartościowych i uczestniczy w realizacji dyspozycji funduszy dotyczących obrotu papierami wartościowymi. Pozostałe czynności wykonywane przez skarżącego to obowiązki wynikające z ustawy z 28 sierpnia 1997 r. o organizacji i funkcjonowaniu funduszy emerytalnych (tekst jedn. DzU z 2017 r., poz. 870 ze zm., dalej u.o.f.f.e.). Na tym tle powstała wątpliwość, czy usługi świadczone przez niego korzystają ze zwolnienia z VAT na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 40 i 41 ustawy o VAT. Zdaniem skarżącego, wszystkie wykonywane przez niego usługi korzystają ze zwolnienia z VAT na podstawie odpowiednich przepisów.
W interpretacji indywidualnej z 10 grudnia 2014 r. organ stwierdził, że usługi dotyczące otwierania i prowadzenia rachunku zdematerializowanych papierów wartościowych funduszy, na których takie papiery są przechowywane w formie zapisów elektronicznych oraz przeprowadzanie rozliczeń transakcji na aktywach funduszy nie mieszczą się w dyspozycji art. 43 ust. 1 pkt 41 ustawy o VAT. Zwolnieniem z VAT nie są objęte usługi przechowywania instrumentów finansowych i zarządzania nimi.
Bank wniósł skargę do WSA, który w wyroku z 6 listopada 2015 r. (I SA/Wr 842/15) ją oddalił powołując się na wyrok TSUE w sprawie C-169/04. Uznał, że powołanie się wnioskodawcy na elementarny charakter usług dla działalności depozytariusza było bezzasadne. Zwolnienia odnoszą się bowiem do określonych czynności i jedynie uznanie ich zaistnienia może uzasadniać ich zastosowanie.
Skargę na ten wyrok złożyły obydwie strony. NSA uchylił zaskarżony wyrok w całości i oddalił skargę banku. NSA wyraźnie i jednoznacznie stwierdził, że otrzymane przez bank wynagrodzenie z tytułu przechowania aktywów funduszy w postaci zdematerializowanych papierów wartościowych na rachunkach papierów wartościowych, prowadzonych w ramach działalności powierniczej banku nie jest objęte zwolnieniami z VAT. NSA uznał stanowisko organu za prawidłowe w części dotyczącej wykładni przepisów dotyczących zdematerializowanych jednostek.
