§ 3. Jeżeli ujawnią się powody osłabiające zaufanie do wiedzy lub bezstronności biegłego albo inne ważne powody, powołuje się innego biegłego".
Jeśli biegły wydał już opinie w sprawie, a ujawnione zostaną przyczyny uzasadniające jego wyłączenie, to wydana opinia nie będzie stanowiła dowodu. Orzecznictwo jednak dopuszcza, aby opinia ta pozostała w aktach sprawy.
Bardzo pojemnym i niestety nieostrym terminem są „inne ważne powody", które osłabiają zaufanie do wiedzy lub bezstronności biegłego. W praktyce zwykle sprowadza się to do wykazania przez stronę procesu błędu w opinii, a w szczególności błędnie przyjętych założeń badawczych, błędnie dobranej metodologii badań lub błędnego wnioskowania na podstawie badań cząstkowych. Tyle tylko, że i tak aby wykazać którykolwiek z tych elementów, potrzebna jest „wiedza specjalna"... innego specjalisty z tego zakresu (innego biegłego).
Jako okoliczność uzasadniającą wątpliwości co do bezstronności należy uznać np. rodzaj emocjonalnego zaangażowania sędziego/biegłego w odniesieniu do strony postępowania sądowego. W orzecznictwie niejednokrotnie podnoszone są relacje o podłożu psychologicznym bądź społecznym, jakie łączą strony i uczestników postępowania, a które mogą być podstawą wyłączenia, m.in. są to: relacje partnerskie, znajomość, antypatia, więź rodzinna, powiązania majątkowe, gospodarcze, zależności, niechęć lub sympatia do określonej grupy zawodowej lub społecznej itd.
Oczywiste wydaje się, że strona nie może się domagać wyłączenia biegłego tylko dlatego, że wnioski ekspertyzy są dla niej niekorzystne. „(...) Samo niezadowolenie strony z treści sporządzonej opinii nie stanowi okoliczności, która mogłaby rodzić obiektywnie uzasadnione wątpliwości co do bezstronności biegłego sądowego" (wyrok Sądu Apelacyjnego w Łodzi – I Wydział Cywilny z 2 października 2014 r., sygn. I ACa 342/14, Legalis).