Wielki kodyfikator narodowych mitów, twórca historycznych wizji, które stać się miały trzonem zbiorowych wyobrażeń Polaków o przeszłości", jak napisał o Janie Matejce Henryk M. Słoczyński, pochodzenie miał całkowicie obce – ojciec, Franciszek Ksawery Matejko, był Czechem, a matka Joanna Karolina z domu Rossberg miała korzenie niemieckie. Jan był dziewiątym z jedenaściorga rodzeństwa. Rodzice kiepsko radzili sobie z tak dużą gromadką dzieci, czego dobitnym świadectwem był słynny krzywy nos Matejki. Jeszcze jako młody chłopak złamał go podczas zabawy, a że nikt się tym specjalnie nie przejął, nos zrósł się nieprawidłowo. Kiedy Jan miał siedem lat, zmarła jego matka. Z ojcem – zapracowanym, surowym i bardzo zasadniczym – miał bardzo słaby kontakt. Namiastkę rodzinnego ciepła znalazł u mieszkającej po sąsiedzku rodziny Giebułtowskich. Paulina Giebułtowska okazywała „biednemu, blademu, zmizerowanemu chłopiątku" matczyne uczucia, jej syn Stanisław był jego najlepszym przyjacielem, młodszy Stefan kolegą z gimnazjum, a starsza córka Joanna wraz z mężem Leonardem Serafińskim chętnie gościli go w swym domu w Nowym Wiśniczu. Ale najważniejszą osobą, którą Matejko poznał u Giebułtowskich, była ich najmłodsza latorośl, Teodora – przyszła żona, muza i jednocześnie przyczyna wielu frustracji malarza.
Pomocne rodzeństwo
Rodzina Matejków szybko się spolszczyła, a Jan wyrastał w atmosferze polskiego patriotyzmu. Nie była to jednak zasługa ojca, który do tych kwestii miał stosunek doskonale obojętny, ale starszych braci, przede wszystkim Edmunda i Zygmunta, którzy na Węgrzech wzięli udział w powstaniu przeciw Habsburgom (Zygmunt poległ na polu walki). Największy wpływ na wychowanie i edukację Jana miał z kolei najstarszy brat, Franciszek, docent Uniwersytetu Jagiellońskiego. To on zabierał go na spotkania akademickie organizowane w pracowni rzeźbiarza Parysa Filippiego, na których bywali także młodzi artyści. Jan wolał zaglądać do Filippiego i chłonąć setki lat historii Polski, włócząc się po uliczkach Krakowa, niż sumiennie się uczyć, dlatego edukację w Gimnazjum św. Anny, do którego uczęszczał od 1848 r., zakończył, nie otrzymawszy promocji po klasie trzeciej. W nauce nie pomagało mu także to, że jak pisał Marian Gorzkowski, „doświadczał od swych współtowarzyszy pewnego znęcania się nawet", wynikającego z braków w polszczyźnie i nieco zaniedbanego wyglądu. Za to od najmłodszych lat świetnie i z dużą determinacją kopiował ilustracje z książek historycznych, które wyszperał w domowej biblioteczce.
Ostatecznie więc ojciec, choć nierad, wysłał Jana do krakowskiej Szkoły Sztuk Pięknych. Tutaj również nie wszystko szło gładko, ponieważ Matejko z trudem wpasowywał się w sztywne reguły akademizmu i nauczania preferowane przez dyrektora szkoły Wojciecha Stattlera. Większy wpływ wywarli na niego dwaj inni nauczyciele – Józef Kremer i Władysław Łuszczkiewicz. Zauważyli jego historyczną pasję i w tym właśnie kierunku popchnęli go do działania. To właśnie wtedy zaczął powstawać słynny „skarbczyk" malarza, czyli pieczołowicie gromadzona przez całe życie kolekcja zabytkowych przedmiotów, dokumentów, przerysowywanych na kalce ilustracji z książek i rysunków zabytków sztuki i kultury materialnej, z którego Matejko czerpał przy opracowywaniu swych kompozycji historycznych.
W 1858 r. otrzymał stypendium na studia w Akademii Sztuk Pięknych w Monachium, której dyrektorem był Wilhelm von Kaulbach. To on był twórcą bliskiej Matejce idei obrazu jako „uczonego wielowarstwowego komentarza do wydarzenia historycznego". W tamtym okresie najbardziej fascynował się jednak francuskim malarzem Paulem Delaroche, dlatego zaczął malować obrazy o charakterze historyczno-kryminalnym z zastosowaniem zasady suspensu, czego najlepszym przykładem jest dzieło „Otrucie królowej Bony" (1859 r.). Rozpoczęte w 1860 r. studia na ASP w Wiedniu bardzo szybko przerwał, niezadowolony ze wskazówek udzielanych mu podczas korekty prac przez profesora Christiana Rubena. Kiedy ten zasugerował mu, że w obrazie przedstawiającym Jana Kazimierza oglądającego pożar Krakowa z Bielan, władca powinien zostać ukazany w pozycji klęczącej, ponoć Matejko gniewnie odrzekł: „Polscy królowie przed nikim nie klękali".
Matejko był pełen przeciwieństw. Jego żona Teodora wspominała, jak w trakcie zwiedzania watykańskiej galerii malarstwa na płótnie któregoś z klasyków renesansu ujrzeli źle namalowaną rękę ludzką. „Ty byś takiego błędu rysunkowego nie popełnił" – zauważyła. Na co jej mąż odparł: „Ale choćbym pękł, tobym takiego obrazu nie namalował". Z drugiej strony artysta kiepsko znosił krytykę swojej twórczości, pomimo że często świadomie rezygnował z pewnych poprawnych malarsko technik na rzecz realizacji swojej mesjanistycznej wizji.
