Wniosek o otwarcie grobowca 7 czerwca 1833 r. napisał rektor kongregacji Virtuosi. Czcigodne towarzystwo zrzeszało najprzedniejszych malarzy, rzeźbiarzy i architektów w Rzymie. Miejscem ich spotkań była galeria w Panteonie – dawna świątynia pogańska zamieniona na katolicką. Virtuosi wiedzieli z dokumentów, że genialny Rafael z Urbino zmarł w Wielki Piątek 1520 r. A sam papież Leon X wydał zezwolenie, by uszanować życzenie zmarłego i pochować go w Panteonie pod ołtarzem. Dla jego ozdobienia Rafael zamówił u przyjaciela figurę Madonny, wydał bajońską sumę 1500 złotych dukatów na odnowienie ołtarza i nie mniejszą na odprawianie co tydzień mszy za jego duszę. Mimo że w 1833 r. ołtarz stał niezmiennie, nad nim królowała Madonna, a mszę konsekwentnie odprawiano, to po ponad 300 latach od śmierci artysty miejsce pochówku budziło wątpliwości. Mnożyły się głosy, że zmarli w Rzymie mieszkańcy z Urbino chowani byli w ich wspólnej kaplicy w kościele Santa Maria sopra Minerva. Więc i Rafael?
Tymczasem jego kult osiągnął niebotyczne rozmiary. Zbiegło się to z nową praktyką w Kościele: wielkich świętych wyciągano z grobów i chowano na nowo, przy okazji ponad wątpliwość potwierdzając prawdziwość ich relikwii. Tak w 1818 r. uczyniono ze szczątkami św. Franciszka z Asyżu. W przypadku Rafaela jeszcze jedna wątpliwość spędzała sen z powiek czcigodnym Virtuosi. Otóż w Akademii San Luca, założonej 30 lat po śmierci geniusza (1553 r.) z wielką czcią przechowywano jego czaszkę. Tylko pytano się, jak mogła tam trafić, skoro nie zachowały się żadne informacje o otwarciu grobu po śmierci.
Czaszka Rafaela
9 września 1833 r. rozpoczęto prace w Panteonie. Najpierw kopano pod posadzką dookoła ołtarza z figurą Madonny. Nie znaleziono nic. Postanowiono przesunąć sam ołtarz i kopać pod nim. Aż ukazało się sklepienie z czerwonej cegły, połączone z murem. Ekscytacja sięgnęła zenitu. 14 września przewidziano otwarcie grobowca. Zaproszono 75 wybitnych osób. Wśród nich przedstawicieli sztuki, Kościoła, miasta Rzymu, a przede wszystkim lekarzy i prawników. Pośrodku siedział reprezentant papieża kardynał Vicario Zurla, obok posiwiały Bertel Thorvaldsen, ten sam, który Polakom w spuściźnie pozostawił pomniki Kopernika i księcia Poniatowskiego w Warszawie, a który zanotował, że wykopany grobowiec co do joty zgadzał się z opisem z pogrzebu, jaki uwiecznił słynny kronikarz artystów renesansu Giorgio Vasari. Inny świadek odkopania grobowca zapisał: „Dreszcz przeszedł po nas wszystkich. Z trumny z drzewa pinii nie ostała się najmniejsza drzazga, ale szczątki geniusza zachowały się w świetnym stanie". Jedynie czaszka z tylnej strony wykazywała niewielkie ubytki na skutek podmycia wodą – efekt wylewów Tybru w ciągu ostatnich trzech stuleci. Wszyscy obecni uznali jednogłośnie, że przed sobą mają genialnego Rafaela, już za życia otoczonego aurą tajemniczości i boskości. Znalezione w grobowcu metalowe kółeczka pochodziły z szaty, w której artysta został pochowany. Szybko wykonano odlew czaszki i prawej dłoni, którą malował Rafael. Niestety kość dłoni uległa przy tym skruszeniu. Czaszkę o wymiarach 17x13x13 cm i kościec przez miesiąc wystawiono w Panteonie w szklanej trumnie. 18 października ponownie złożono je pod ołtarzem do sarkofagu: zamknięto w dwóch trumnach, z drzewma piniowego i ołowianej, tym razem wkładając w ołowianej tubie dokument potwierdzający tożsamość.
Zagadka grobu i czaszki Rafaela została rozwiązana. Dotychczasowa z Akademii San Luca okazała się należeć do fundatora kongregacji Virtuosi. Ale wiele innych nierozwiązanych zagadek do dziś spowija osobę genialnego artysty. Bo nie wiadomo nawet, kiedy się urodził. Jedna wersja opiera się na przekazie, że zmarł tego samego dnia, kiedy się urodził: 6 kwietnia – w Wielki Piątek. Tymczasem Wielki Piątek w roku urodzenia, czyli 1483, przypadał na 28 marca.
Artysta papieży
Znana natomiast jest droga na szczyty. Rozpoczęła się w domu rodzinnym, gdzie Rafael mieszał farby ojcu, nadwornemu malarzowi księcia Urbino. Ale obydwoje rodzice zmarli, nim skończył 11 lat. Przełomem okazał się przyjazd do Florencji, światowego centrum renesansu. Tu w wieku 20 lat zaczął tworzyć w cieniu Leonarda da Vinci i Michał Anioła. Jego madonny, jakie najczęściej wychodziły spod jego ręki, uosabiały nową ikonografię, którą naśladować będą artyści kolejnych stuleci. Ale dopiero kiedy wuj Donato Bramante, który z woli papieża Juliusza II rozpoczął wznoszenie nowej bazyliki św. Piotra, zarekomendował go głowie Kościoła, Rafael znalazł się w Rzymie. Doścignął obydwu gigantów i oplótł swoją głowę wawrzynem sławy. Jego warsztat uchodził za najbardziej produktywny w całej Italii, słynąc ze śmiałości kompozycji, wirtuozerii stylu i harmonii kolorów. Juliusz II powierzył Rafaelowi ozdobienie freskami swoich apartamentów w północnej części Pałacu Apostolskiego, dokąd postanowił się przenieść, rezygnując z pokoi, w których mieszkał poprzedni papież skandalista Aleksander VI Borgia. Juliusz II nie zawiódł się. Komnaty ozdobione freskami wykraczającymi poza współczesne konwencje tak przypadły papieżowi do gustu, że wcześniejsze malowidła kazał usunąć. Następca Juliusza II, Leon X, z rodziny Medyceuszy, powierzył Rafaelowi po śmierci Bramante nadzór nad dalszą budową bazyliki.