Zacznijmy od samego mistrza, gdyż jego osobiste doświadczenia miały istotny wpływ na to, co i jak malował. Urodził się 24 czerwca 1838 r. w Krakowie, a zatem pod zaborem austriackim, w niegdyś potężnej Polsce, która za sprawą trzech zaborców – Rosji, Prus i Austrii – została wymazana z map świata. Jego ojciec, Franciszek Ksawery Matejko, a właściwie František Xaver Matějka (Matieyka), był Czechem, urodzonym w Roudnicach koło Hradca Králové jako syn chłopski. Przybył do Galicji w charakterze guwernera i nauczyciela muzyki. Początkowo pracował u rodziny Wodzickich w Kościelnikach (dziś część Nowej Huty), a następnie przeniósł się do Krakowa, gdzie poślubił Joannę Karolinę Rossberg wywodzącą się z polsko-niemieckiej rodziny zamożnych rymarzy. Franciszek był katolikiem, Joanna – protestantką. Matejkowie zamieszkali przy ulicy Floriańskiej w Krakowie. Pomimo tej multikulturowości swoje potomstwo wychowali w duchu głębokiego szacunku do wszystkiego co polskie. Jan Alojzy był dziewiątym dzieckiem z jedenaściorga, jakie mieli państwo Matejkowie (było wśród nich dziewięciu chłopców i dwie dziewczynki). Gdy Jan miał siedem lat, zmarła jego matka, dziećmi więc zajęła się jej siostra. Ojciec był człowiekiem zasadniczym i nie akceptował malarskich pasji syna, mimo że ten od najmłodszych lat przejawiał wybitne zdolności plastyczne. Przyszłego mistrza pędzla do podążenia artystyczną drogą nie zniechęciły ani sceptycyzm ojca, ani nawet... znaczna wada wzroku.
Dzieje Polski na płótnie
Po ukończeniu szkoły powszechnej im. św. Barbary oraz Gimnazjum św. Anny Jan Matejko w wieku 13 lat został przyjęty do krakowskiej Szkoły Sztuk Pięknych przy ulicy Wesołej, której dyrektorem był wówczas Wojciech Stattler. Ale największy wpływ na niego wywarli jego dwaj nauczyciele: Józef Kremer i Władysław Łuszczkiewicz, którzy nakłonili go do szkicowania krakowskich zabytków, zbierania materiałów, studiowania detali obrazów. W 1858 r. otrzymał stypendium na studia w Monachium. Tu zetknął się z dziełami wybitnych malarzy dawnych i współczesnych. Cenił twórczość Paula Delaroche'a i jego ucznia, Carla von Piloty'ego, tworzących dzieła historyczne. Matejko przekonał się, że to właśnie temu gatunkowi pragnie się poświęcić (choć już w 1853 r., a zatem w wieku 15 lat!, namalował swój pierwszy obraz historyczny: „Carowie Szujscy przed Zygmuntem III"). Schemat Delaroche'a, oparty na wybraniu z historii dramatycznego momentu i przedstawieniu go w sposób teatralny i emocjonalny, młody Matejko zastosował w malowanym w Monachium i Krakowie „Otruciu królowej Bony" (1859 r.). W 1860 r. malarz na krótko wyjechał do Wiednia, gdzie wydał „Ubiory w Polsce", publikację zawierającą ryciny z postaciami w historycznych strojach, świadectwo jego zainteresowań, co później będzie wielokrotnie wykorzystywał w swych obrazach. Złą sytuację materialną malarza poprawiło honorarium za „Ubiory...", a także sprzedaż „Otrucia królowej Bony" i „Kochanowskiego nad trumną Urszulki".
W pierwszej połowie lat 60. XIX w., mimo młodego wieku, Matejko odniósł pierwsze artystyczne sukcesy – wtedy powstały jego wybitne obrazy: „Stańczyk" oraz „Kazanie Skargi". Ponieważ nie potrafił posługiwać się bronią i był słabego zdrowia, nie wziął udziału w powstaniu styczniowym. Ale już jego dwaj bracia tak, malarz natomiast wspierał powstańców (m.in. dostarczał im broń). W 1864 r. jego sytuacja materialna była na tyle dobra, że mógł poślubić Teodorę Giebułtowską. Mieli razem pięcioro dzieci: Tadeusza, Helenę, Beatę, Jerzego oraz Reginę, która zmarła jako niemowlę. Żonę powszechnie uważano za osobę despotyczną, kłótliwą i egoistyczną, a mimo to przez męża nazywana była „Gwiazdą", „Panią" i „Władczynią". Niemal wszystkie kobiety na obrazach Matejki mają jej twarz (namalował ją m.in. jako królową Bonę Sforzę w „Hołdzie pruskim"). Zarówno żona, która została zamknięta w szpitalu psychiatrycznym, jak i dzieci przysparzały artyście wielu kłopotów. Pogłębiające się z czasem problemy finansowe Matejki spowodowane były chorobą żony, ale także nadmiernym szafowaniem własnym dorobkiem artystycznym. Kilka wielkich płócien malarz podarował narodowi polskiemu, papieżowi przekazał „Sobieskiego pod Wiedniem", a Francja otrzymała od niego „Joannę d'Arc". Obdarowywał też obrazami swoich znajomych – ludzi zwykle bardzo bogatych. Nie przyjął zapłaty za portret od hrabiego Stanisława Tarnowskiego, podarował też portret księżnej Marcelinie Czartoryskiej. Nie szczędził również datków na wsparcie ubogich: ofiarował m.in. na ich rzecz szkic olejny „Zygmunt August w ogrodzie wileńskim". Niekiedy swoje dzieła sprzedawał za bezcen (np. „Kazanie Skargi" za niewielką sumę odstąpił hrabiemu Maurycemu Potockiemu).
Cieszył się uznaniem zarówno wśród arystokracji i mieszczan, jak i światowego środowiska artystycznego. W 1870 r., po namalowaniu „Unii lubelskiej", został udekorowany w Paryżu Legią Honorową. Wkrótce został dyrektorem Szkoły Sztuk Pięknych w Krakowie, a także honorowym członkiem Akademii paryskiej, berlińskiej, praskiej i wiedeńskiej. Mimo że był skłócony z Radą Miasta, która wbrew protestom artysty wyburzyła średniowieczny klasztor, aby zrobić miejsce pod Teatr Miejski, miał wpływ na ratowanie zabytków Krakowa. Uczestniczył w pracach komisji konserwatorskich podczas odnawiania gotyckiego ołtarza Wita Stwosza w kościele Mariackim, restauracji gmachu Sukiennic czy zamku na Wawelu. Brał udział w pracach naukowo-badawczych oraz wykonywał rysunki inwentaryzacyjne podczas otwarcia w katedrze wawelskiej grobów: Kazimierza Wielkiego, królowej Jadwigi i kardynała Oleśnickiego. Uczestniczył w pracach nad stworzeniem ustawy o konserwacji zabytków. Według projektu Matejki w latach 1889–1891 wykonana została polichromia wnętrz kościoła Mariackiego. Wykształcił też wielu malarzy, a jego najważniejszymi uczniami byli: Mehoffer, Wyspiański, Tetmajer i Malczewski, wybitni przedstawiciele polskiego modernizmu.
Jan Matejko zmarł po pęknięciu wrzodu żołądka 1 listopada 1893 r., mając zaledwie 55 lat. Spoczął w grobowcu rodzinnym w głównej alei na Cmentarzu Rakowickim w Krakowie (jeszcze za życia nie wyraził zgody na pochówek na Skałce). W czasie jego pogrzebu bił dzwon Zygmunt, a w ostatniej drodze towarzyszyły mu tysiące krakowian oddających hołd wybitnemu malarzowi.