„Minęło zaledwie 21 dni, odkąd zaczęła się wojna, ale operacje idą gładko i mamy wystarczające powody, by sądzić, że pierwsza faza wojny zakończy się do marca. Ale co nastąpi potem?" – pisał 1 stycznia 1942 r. w swoim dzienniku adm. Matome Ugaki, szef sztabu Japońskiej Połączonej Floty. Rzeczywiście w ciągu kilku miesięcy Japonii udało się odnieść serię spektakularnych zwycięstw nad Stanami Zjednoczonymi, Wielką Brytanią, Australią i Holandią. Wszystko to z wykorzystaniem bardzo skromnych sił (11 dywizji i ok. 1,2 tys. samolotów plus wspierająca je flota) i przy bardzo niskich stratach. Admirał Isoroku Yamamoto, dowódca Połączonej Floty, współtwórca tych spektakularnych zwycięstw, lobbował w Tokio za kontynuacją ofensywnej strategii: zadawaniem aliantom kolejnych ciosów, które zmuszą ich do negocjacji pokojowych z Japonią.
Brakowało jednak spójnej koncepcji strategicznej. Część japońskich dowódców chciała uderzenia na Cejlon, inni chcieli skupić się na Nowej Gwinei, jeszcze inni na Chinach. Ten strategiczny spór został rozstrzygnięty przez Amerykanów – 18 kwietnia 1942 r. formacja 16 amerykańskich bombowców B-25 Mitchell dowodzona przez pułkownika Jamesa Doolittle'a wystartowała z lotniskowca „Hornet" i dokonała rajdu lotniczego na Tokio oraz kilka innych japońskich miast. Straty materialne spowodowane przez amerykańskie bombowce były minimalne, ale efekt propagandowy rajdu okazał się ogromny. Cesarska Marynarka Wojenna poczuła, że straciła twarz, pozwalając Amerykanom na uderzenie w stolicę. Yamamoto bez żadnych większych problemów zdołał więc przeforsować swoją koncepcję zadania Amerykanom ciosu odwetowego – zajęcia atolu Midway (amerykańskiej bazy lotniczej położonej mniej więcej w połowie drogi między Azją a Ameryką Płn.) i sprowokowania amerykańskiej Floty Pacyfiku do stoczenia walnej bitwy, w której zostaną zniszczone jej lotniskowce.
Zgubne pozytywne myślenie Japończyków
Plan operacji ofensywnej był szlifowany przez Japończyków w kwietniu i na początku maja 1942 r. Zatwierdzono go 5 maja. Od początku obarczony był bardzo poważnymi wadami. Składał się z dwóch części: operacji MI (ataku na Midway) oraz operacji AL (ataku na Aleuty, łańcuch wysp u wybrzeży Alaski). AL miała być uderzeniem dywersyjnym, odciągającym część sił Amerykanów. Yamamoto wyznaczył jednak do jej realizacji dwa cenne lotniskowce: „Junyo" i „Ryujo". Kolejne dwa lotniskowce („Shokaku" i „Zuikaku") miały być na początku maja zaangażowane w operację zajęcia Port Moresby na Nowej Gwinei. Yamamoto optymistycznie zakładał, że po wykonaniu zadania dołączą do głównego zespołu uderzeniowego pod Midway.
Do udziału w operacji MI zostały ostatecznie wyznaczone: podlegający 1. Flocie 1. Zespół Uderzeniowy Lotniskowców dowodzony przez adm. Chuichiego Nagumo (lotniskowce: „Akagi", „Kaga", „Hiryu" i „Soryu", dwa szybkie pancerniki, dwa ciężkie krążowniki, jeden lekki krążownik, 12 niszczycieli i okręty wsparcia), główne siły 1. Floty pod bezpośrednim dowództwem adm. Yamamoto (mały lotniskowiec „Hosho", trzy pancerniki – w tym okręt flagowy „Yamato", dwa transportowce wodnosamolotów, jeden lekki krążownik, dziewięć niszczycieli i okręty wsparcia) oraz 2. Flota adm. Nobutake Kondo, w skład której wchodziły siły główne (mały lotniskowiec „Zuiho", dwa szybkie pancerniki, cztery ciężkie krążowniki, jeden lekki krążownik, osiem niszczycieli i okręty wsparcia), zespół inwazyjny adm. Raizo Tanaki (dwa transportowce wodnosamolotów, 12 okrętów transportowych, jeden lekki krążownik, dziesięć niszczycieli i okręty wsparcia), siły wsparcia adm. Takeo Kurity (cztery ciężkie krążowniki, dwa niszczyciele i tankowiec) oraz zespół trałowców. Zgrupowanie to było wspierane przez 6. Flotę z jej 12 okrętami podwodnymi. Japończycy dysponowali blisko 300 samolotami.
Japoński plan przewidywał atak z zaskoczenia na bazę lotniczą Midway, zniszczenie znajdujących się w niej amerykańskich sił i zajęcie wyspy. To miało zmusić zespół amerykańskich lotniskowców do wyjścia z Pearl Harbor. Gdy już znalazłyby się one w pułapce, miały zostać wykończone przez 1. Flotę, w tym przez potężne działa jej zespołu pancerników. Podczas manewrów na początku czerwca z góry odrzucano wariant mówiący, że zgrupowanie amerykańskich lotniskowców będzie czekało już na miejscu na Japończyków. Kpt. Minoru Genda, współpracownik adm. Yamamoto, rozbrajająco przyznawał, że nie ma planu postępowania na ten wariant. Gdy podczas gry sztabowej w jednym ze scenariuszy doszło do zatopienia dwóch lotniskowców, admirał sędziujący podczas tej rozgrywki nie zatwierdził tych zatopień, uznając je za mało prawdopodobne.