Trzy lata temu Rzecznik Praw Obywatelskich zwrócił uwagę Ministra Środowiska, że dla większości obszarów Natura 2000 w ogóle nie zostały ustanowione plany ochrony ani plany zadań ochronnych. Tymczasem uzyskanie unijnej pomocy na zalesienie było możliwe pod warunkiem, że planowane zalesienie gruntu położonego na obszarze Natura 2000 nie było sprzeczne z planami ochrony albo planami zadań ochronnych tych obszarów. Tak wskazuje rozporządzenie ministra rolnictwa z 2009 r. w sprawie szczegółowych warunków i trybu przyznawania pomocy finansowej w ramach działania „Zalesienie gruntów rolnych oraz zalesienie gruntów innych niż rolne" objętego Programem Rozwoju Obszarów Wiejskich na lata 2007-2013.
Rolnik, który chciał uzyskać dotację, musiał więc uzyskać m.in. opinię regionalnego dyrektora ochrony środowiska, że planowane zalesienie gruntu na obszarze Natura 2000, nie jest sprzeczne z planami ochrony lub planami zadań ochronnych.
Problem w tym, że jeśli plan ochrony dla danego obszaru nie istniał opinia taka w ogóle nie mogła zostać wydana. Tak wynikało z wytycznych Generalnego Dyrektora Ochrony Środowiska z 2011 r. przesłanych do Biura RPO.
Jak wynika z ustawy o ochronie przyrody, pierwszy projekt planu zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000, jako terenu mającego znaczenie dla Unii, sporządza organ sprawujący nadzór w ciągu 6 lat od zatwierdzenia przez Komisję Europejską tego obszaru lub od dnia wyznaczenia obszaru specjalnej ochrony ptaków. Organem nadzoru jest regionalny dyrektor środowiska lub dyrektor parku narodowego, jeżeli obszar Natura 2000 obejmuje chociaż w części teren parku narodowego.
Minister środowiska rozważał, czy w przypadku braku planu ochrony albo planu zadań ochronnych dla obszaru Natura 2000, organ nie powinien wydać opinii o braku sprzeczności zalesienia z celami ochrony danego obszaru – taką możliwość prawodawca przewidział w przypadku innych obszarów chronionych, np. rezerwatów. W ocenie ministra jedynym rozwiązaniem byłaby więc zmiana rozporządzenia z 2009 r.