Naliczanie podatku najczęściej wiąże się z obowiązkiem złożenia deklaracji, w której podatnik sam określa zobowiązanie (PIT, CIT, VAT). W niektórych podatkach organ z urzędu ustala kwotę podatku w decyzji wymiarowej (podatek rolny).
Podatek wykazany w deklaracji jest kwotą do zapłacenia, chyba że organ nie zgadza się z ustaleniami podatnika. W takiej sytuacji po przeprowadzeniu postępowania podatkowego organ wyda decyzję określającą zobowiązanie podatkowe. Często jest ona niekorzystna dla podatnika, ponieważ określa podatek w kwocie wyższej od zadeklarowanej. Przykładem takiej sytuacji może być zakwestionowanie kosztów uzyskania przychodów i w konsekwencji powiększenie podstawy opodatkowania w działalności gospodarczej.