Przypuśćmy że podatnik zidentyfikował braki magazynowe. Zupełnie inaczej będzie wyglądać jego sytuacja podatkowa, jeżeli sporządzony zostanie protokół inwentaryzacyjny, w którym przyczyny tych braków zostaną wyjaśnione.
Podobnie, dla udokumentowania klasyfikacji towaru czy usługi dla celów traktowania na gruncie VAT przydatne jest jasne określenie tej klasyfikacji w umowie albo oświadczeniu klienta.
Ewidencja księgowa
Zasada jest prosta. Jeżeli przepisy podatkowe uzależniają określone, korzystne traktowanie danej transakcji albo zdarzenia od pewnych faktów, to podatnik powinien udokumentować te fakty, najlepiej w swojej ewidencji księgowej.
Pamiętajmy bowiem, że ewidencja księgowa prowadzona przez podatnika to dokument o szczególnej mocy dowodowej. Zgodnie bowiem z art 193 § 1 ordynacji podatkowej (dalej: o.p.), księgi podatkowe prowadzone rzetelnie i w sposób niewadliwy stanowią dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. Ordynacja podatkowa stanowi, że księgi są prowadzone niewadliwie, jeżeli forma ich prowadzenia jest zgodna z przepisami, a rzetelne są wtedy, gdy odzwierciedlają stan rzeczywisty.
Jeżeli więc podatnik jest w stanie właściwie udokumentować, również dokumentami wewnętrznymi, a następnie zaksięgować, określone zdarzenia, to jego pozycja w przypadku ewentualnego sporu znacznie się wzmacnia. Organy podatkowe mogą oczywiście podważać wiarygodność prowadzonej ewidencji księgowej, Ordynacja podatkowa zawiera specjalny przepis, art. art 193 § 6, który nakazuje w takiej sytuacji sporządzić protokół z badania ksiąg podatkowych, gdzie zostaną wskazane błędne zapisy. Jednak te błędy organ podatkowy musi wykazać. I to na nim w takiej sytuacji ciąży obowiązek zgromadzenia dowodów.
Dobrze jest uzyskać opinię
Drugim przydatnym instrumentem zabezpieczenia pozycji podatkowej, znanym od zawsze, jest stara dobra opinia podatkowa. W tym przypadku celem uzyskania opinii nie jest jednak wyjaśnienie wewnątrz organizacji jak stosować przepisy prawa, ale udokumentowanie takiej interpretacji na wypadek ewentualnej kontroli. W momencie kiedy kontrolujący pytają o jakiś kontrowersyjny temat, gdzie – ich zdaniem – istnieje szansa na przypis, podatnik stwierdza, „Tak, tę kwestię już analizowaliśmy" i wręcza kontrolującym opinię potwierdzającą jego stanowisko. Bardzo często po takiej rozmowie kontrolujący więcej nie wracają do tematu.