Stanowisko wyrażone przez organy podatkowe w pewnym zakresie może dziwić podatników w świetle ukształtowanej praktyki, gdzie dokumentacji podlegał zarówno rok zawarcia transakcji pożyczki, ale także kolejne lata kiedy naliczane były odsetki od takiej pożyczki. Podejście takie wśród podatników wynikało z ukształtowanej jednolitej linii interpretacyjnej wskazującej, że za wartość transakcji pożyczki uznaje się zarówno kwotę kapitału, jak i kwotę odsetek (przykładowo: wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 5 kwietnia 2017 r., III SA/Wa 1142/16, orzeczenie prawomocne; interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 22 grudnia 2015 r., IPPB6/4510-353/15/2/TO; interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 17 grudnia 2015 r., IBPB-1-3/4510-473/15/APO). Organy wskazywały, że „w przedstawionym zdarzeniu przyszłym zostanie spełniona przesłanka wynikająca z art. 9a ust. 1 updop, (tj. mamy do czynienia z transakcjami pomiędzy podmiotami powiązanymi), w związku z czym Wnioskodawca będzie zobowiązany do sporządzania dokumentacji podatkowej, o ile nastąpi wypełnienie przesłanki dotyczącej przekroczenia rocznej wartości zawieranych transakcji, o której mowa w art. 9a ust. 2 updop. Należy jednak zauważyć, że do limitów określonych w art. 9a updop, w przypadku umów pożyczki wlicza się zarówno kapitał, jak i odsetki." Mając na uwadze powyższą interpretację organów podatkowych oraz bezpieczeństwo podatkowe, praktyka poszła w stronę przygotowania dokumentacji dla każdego z poszczególnych lat obowiązywania umowy pożyczkowej, dla którego łączna wartość kapitału i naliczonych w danym roku odsetek przekraczała wskazane w ustawie progi dokumentacyjne.
Takie podejście było stosowane w praktyce, mimo iż w art. 9a ustawy o CIT w brzmieniu obowiązującym do końca 2016 roku ustawodawca posługiwał się także słowem „dokonywać": „Art. 9a. 1. Podatnicy dokonujący transakcji, w tym zawierający umowy spółki niebędącej osobą prawną, umowy wspólnego przedsięwzięcia lub umowy o podobnym charakterze, z podmiotami powiązanymi z tymi podatnikami - w rozumieniu art. 11 ust. 1 i 4 - lub transakcji, w związku z którymi zapłata należności wynikających z takich transakcji dokonywana jest bezpośrednio lub pośrednio na rzecz podmiotu mającego miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd na terytorium lub w kraju stosującym szkodliwą konkurencję podatkową, w tym zawierający umowy spółki niebędącej osobą prawną, umowy wspólnego przedsięwzięcia lub umowy o podobnym charakterze, jeżeli jedną ze stron takiej umowy jest podmiot mający miejsce zamieszkania, siedzibę lub zarząd na terytorium lub w kraju stosującym szkodliwą konkurencję podatkową, są obowiązani do sporządzenia dokumentacji podatkowej takiej (takich) transakcji, obejmującej:"
Warto w związku z tym obserwować, czy rzeczywiście ww. interpretacje sygnalizują zmianę kierunku interpretacyjnego organów podatkowych.
