Tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyrokach z 14 sierpnia 2018 r. (II FSK 2233/16, II FSK 2234/16).
Czytaj także: NSA: firma może być w specjalnej strefie ekonomicznej i uczestnikiem podatkowej grupy kapitałowej
Spółka prowadzi działalność gospodarczą na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (dalej: SSE) na podstawie dwóch zezwoleń, które otrzymała odpowiednio w 2004 oraz 2013 roku. W związku z tym powzięła wątpliwość czy uzyskiwany przez nią dochód z działalności prowadzonej na terenie SSE w pierwszej kolejności będzie korzystał ze zwolnienia w CIT na podstawie chronologicznie najwcześniejszego zezwolenia, a po wyczerpaniu dostępnej na jego podstawie pomocy publicznej (ewentualnie po jego wygaśnięciu) kolejno z następnych zezwoleń. Zwracając się z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej spółka wskazała, że w jej ocenie prawidłowe jest chronologiczne wykorzystywanie pomocy publicznej wynikającej z posiadanych zezwoleń. Zdaniem spółki, brak jest podstawy prawnej, która nakładałaby na przedsiębiorców obowiązek alokowania dochodu uzyskanego z działalności na terenie SSE na poszczególne zezwolenia.
Organ podatkowy uznał stanowisko spółki za nieprawidłowe. Wskazał, że skoro przedmiotem zezwolenia jest inwestycja skonkretyzowana w toku procedury wydawania tego zezwolenia, a dopuszczalna pomoc publiczna powinna być ustalana odrębnie w ramach każdej inwestycji będącej przedmiotem odrębnego zezwolenia, to spółka będzie zobowiązana do odrębnego ustalania wyniku podatkowego w odniesieniu do każdego z posiadanych zezwoleń.
Spółka nie zgodziła się ze stanowiskiem organu i wniosła skargę do WSA. Sąd uchylił zaskarżone interpretacje, przyznając rację spółce.