Zgodnie z art. 9a ustawy o CIT obowiązkowym elementem dokumentacji cen transferowych jest opis zastosowanej metodologii kalkulacji ceny. Jeśli podatnik jest w stanie wykazać, że przyjęta metoda jest najbardziej adekwatna do warunków analizowanej transakcji, a sama transakcja realizowana jest na warunkach rynkowych, to powinien takie informacje zawrzeć w dokumentacji. Umożliwia to podatnikowi przedstawienie własnej oceny zgodności warunków ustalonych z podmiotem powiązanym z zasadą ceny rynkowej (ang. arm's length principle), tj. zgodności z warunkami, jakie w porównywalnych okolicznościach zostałyby ustalone pomiędzy podmiotami niepowiązanymi.
Przedstawienie wyników analizy danych porównawczych, tj. danych uzasadniających rynkowy charakter cen stosowanych w transakcjach wewnątrzgrupowych, nie jest obecnie obowiązkowym elementem dokumentacji cen transferowych. W efekcie, w przypadku ewentualnej kontroli podatkowej, ciężar udowodnienia nierynkowego charakteru transakcji spoczywa na organach podatkowych. Przy czym organy podatkowe, dokonując ewentualnego doszacowania dochodu, są zobowiązane do przeprowadzenia takiego szacowania przy wykorzystaniu procedury przeprowadzenia analizy porównywalności, opisanej w rozporządzeniu ministra finansów w sprawie sposobu i trybu określania dochodów osób prawnych w drodze oszacowania oraz sposobu i trybu eliminowania podwójnego opodatkowania osób prawnych w przypadku korekty zysków podmiotów powiązanych (dalej: rozporządzenie), oraz do zastosowania pięciu metod szacowania wskazanych w tym rozporządzeniu. W pierwszej kolejności organy są zobowiązane do analizy metody zastosowanej przez podatnika oraz przedstawienia argumentacji dla jej ewentualnego odrzucenia.
Transakcje towarowe
Ostatnie orzecznictwo sądów wskazuje, że organy podatkowe dokonując szacowania dochodu podatnika, często w pierwszej kolejności przeprowadzają analizę danych wewnętrznych, czyli danych o porównywalnych transakcjach realizowanych przez podatnika z podmiotami niepowiązanymi.
W maju 2016 roku Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi wydał wyrok (wyrok z 4 maja 2016 r., I SA/Łd 125/16) podtrzymujący decyzję Dyrektora Urzędu Kontroli Skarbowej w zakresie określenia wysokości zobowiązania podatkowego w związku z zawyżeniem kosztów i zaniżeniem przychodów z tytułu rozliczeń w transakcjach z podmiotami powiązanymi. W przedmiotowej sprawie organ zakwestionował trzy transakcje zawarte przez spółkę z podmiotami powiązanymi w 2009 roku: zakup pomidorów, sprzedaż miału oraz sprzedaż kartonów.
Na podstawie danych pozyskanych od kontrolowanego podmiotu organ ustalił, że średnia cena zakupu pomidorów od podmiotów powiązanych wynosiła 16,63 zł, natomiast od niepowiązanych 11,72 zł. Zdaniem Dyrektora UKS, przedstawiona przez spółkę kontrolowaną dokumentacja cen transferowych nie zawierała stosownej argumentacji dla różnic w cenach stosowanych przez podatnika z podmiotami powiązanymi i niepowiązanymi. Wobec tego organ uznał, że spółka nabywała pomidory od podmiotów powiązanych po zawyżonych cenach, i w efekcie wykazała wyższe koszty uzyskania przychodów, co spowodowało zaniżenie jej dochodu do opodatkowania. Organ podatkowy doszacował dochód spółki na podstawie danych wewnętrznych.