Spółka istnieje od 2004 r. Różne okoliczności związane z rodzajem prowadzonej działalności (badania laboratoryjne wody, gleby, powietrza i inne), cechami polskiego rynku, istniejącym otoczeniem konkurencyjnym powodowały, że przez wiele lat ponosiła straty. Te doprowadziły do sytuacji, że wartość jej zobowiązań przekraczała wartość jej majątku. W stanie prawnym obowiązującym przed 2016 r. obligowało to jej zarząd do złożenia wniosku o ogłoszenie upadłości. W latach 2007–2012 zarząd podjął negocjacje z udziałowcami oraz ze spółkami powiązanymi, których celem było umorzenie części zobowiązań z tytułu udzielonych pożyczek oraz zobowiązań z tytułu dostaw i usług. W wyniku tych negocjacji zostały zawarte umowy m.in. o zwolnienie z długu, w tym odpłatne. Z wniosku o wydanie interpretacji wynikało, że spółka jako dłużnik, w zamian za zwolnienie z długu, zobowiązała się też zapłacić wierzycielowi każdoczesną kwotę odpowiadającą 100 proc. dodatniej kwoty przepływów pieniężnych. Przy czym obowiązek zapłaty tej kwoty trwa do momentu, kiedy łączna kwota wpłat z tego tytułu będzie równa wartości zobowiązania, z którego została zwolniona spółka w umowie.
Podatniczka podkreśliła, że jej sytuacja się ustabilizowała. Zapytała, czy przyszłe płatności dodatnich kwot przepływów pieniężnych na rzecz wierzycieli będą dla niej kosztem uzyskania przychodu. Sama uważała, że zawarcie opisanych umów umożliwiło jej uniknięcie w przeszłości konieczności ogłoszenia upadłości. Tym samym spółka mogła kontynuować działalność i uzyskiwać przychody.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. Zauważył, że zgodnie z art. 506 § 1 kodeksu cywilnego, jeżeli w celu umorzenia zobowiązania dłużnik zobowiązuje się za zgodą wierzyciela spełnić inne świadczenie albo nawet to samo, lecz z innej podstawy prawnej, zobowiązanie dotychczasowe wygasa (odnowienie).
W ocenie urzędników w opisanej sytuacji z dniem zawarcia umowy nowacji nie dochodzi do zwolnienia z długu. W efekcie odnowienia dotychczasowe zobowiązania (z tytułu dostaw i usług oraz z tytułu pożyczek) zostaną zastąpione nowym zobowiązaniem. Pod względem prawnym spółka w dalszym ciągu będzie miała zobowiązania wobec tego samego podmiotu, ale inna będzie podstawa prawna jego spełnienia. Również w sensie ekonomicznym sytuacja spółki zasadniczo się nie zmieni.
Jak tłumaczył fiskus, aby podatnik mógł zaliczyć poniesione wydatki do kosztów, musi wykazać, że ich poniesienie ma związek z uzyskanymi przychodami. Doszedł do przekonania, że w spornej sprawie nie można mówić o powstaniu przychodu do opodatkowania. Dlatego płatności dodatnich kwot przepływów pieniężnych, jako niemające związku z przychodem, nie mogą stanowić kosztów.
