Zdarza się, że spółka przejmowana występowała przed dniem połączenia o różnego rodzaju interpretacje indywidualne. Bywa, że znaczna część prowadzonych rozliczeń podatkowych uwzględnia właśnie wnioski i zalecenia płynące z takich interpretacji. Pojawia się więc pytanie, na ile podmiot przejmujący ma prawo korzystać z ochrony gwarantowanej taką interpretacją.

Orzecznictwo sądów administracyjnych nie jest, niestety, w tym zakresie jednolite, natomiast linia orzecznicza, która ostatnio przeważa, jest tylko częściowo korzystna dla podatników.

W orzeczeniu z 27 marca 2013 r. (II FSK 1385/11) Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że przedmiotem sukcesji przez spółkę przejmująca może być wyłącznie gwarantowane ordynacją podatkową prawo ochronne, które powstało przed połączeniem. Oznacza to w praktyce, że samo otrzymanie interpretacji przez spółkę przejmowaną nie powoduje z automatu, że spółka przejmująca będzie chroniona, jeżeli do tej interpretacji się zastosuje. Taka ochrona zostanie „odziedziczona" przez spółkę przejmującą tylko wtedy, gdy spółka przejmowana przed połączeniem zastosuje się do zaleceń wynikających z otrzymanej interpretacji indywidualnej.

Zasada sukcesji generalnej spowoduje więc przejęcie przez spółkę przejmującą od spółki przejmowanej prawa do ochrony wynikającej z interpretacji tylko wtedy, gdy spółka przejmowana nabyła takie prawo. Jeżeli natomiast spółka przejmująca jedynie wystąpiła i otrzymała interpretację indywidualną, lecz dotyczy ona zdarzenia przyszłego, do którego jeszcze przed połączeniem się nie zastosowała, to spółka przejmująca powinna rozważyć wystąpienie z nowym wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej.