Elementem kluczowym dla weryfikowania konsekwencji podatkowych przeprowadzonego połączenia jest tzw. sukcesja generalna (zwana również uniwersalną). Zasada ta została przewidziana w prawie handlowym, gdzie odnosi się do wstąpienia we wszelkie prawa i obowiązki wynikające np. z umów zawartych przez spółkę przejmowaną, uzyskanych koncesji i pozwoleń (art. 494 kodeksu spółek handlowych). Ponadto została przewidziana w przepisach podatkowych. Zgodnie z art. 93 ordynacji podatkowej osoba prawna, która powstała w wyniku połączenia spółek (czyli spółka nowo zawiązana przy fuzji), oraz spółka, która przejęła majątek innych spółek (czyli spółka przejmująca przy inkorporacji), wstępuje we wszelkie przewidziane w przepisach prawa podatkowego prawa i obowiązki każdej z łączących się spółek.
Ustawodawca posłużył się w tym zakresie dość krótką, prostą regulacją. W praktyce oznacza to, że zastosowanie zasady sukcesji podatkowej do konkretnych stanów faktycznych nastręcza podatnikom wielu problemów, których rozstrzygnięcie niejednokrotnie staje się przedmiotem wniosków o wydanie interpretacji indywidualnych.
Jednym z istotnych zagadnień jest ustalenie momentu zakończenia roku podatkowego spółki przejmowanej (lub spółek łączonych), gdyż wpływa to znacznie na sposób późniejszych rozliczeń podatkowych.
Zakończenie roku podatkowego
Przy połączeniu nie ma oczywiście potrzeby zakończenia roku podatkowego spółki przejmującej ani nowo zawiązanej. Taki obowiązek może się jednak pojawić w odniesieniu do spółek przejmowanych lub łączonych.
Przepisy ustawy o CIT przewidują bowiem, że rok podatnika zakończy się nie tylko z dniem ustalonym w statucie jako koniec roku podatkowego, ale również zawsze wtedy, gdy z odrębnych przepisów będzie wynikał obowiązek zamknięcia ksiąg rachunkowych spółki przejmowanej. Taki właśnie obowiązek nakłada ustawa o rachunkowości. W jej art. 12 ust. ust. 2 pkt 4 przewidziano zasadę zamykania ksiąg jednostki przejmowanej na dzień połączenia. Oznacza to, że w takim przypadku w spółce przejmowanej, wraz z zamknięciem ksiąg rachunkowych, zakończy się również rok podatkowy.