W grudniu 2004 r. spółka otrzymała zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (SSE). Posiada także zezwolenie z sierpnia 2013 r. Kontynuuje rozwój działalności w strefie i ponosi w tym celu dalsze wydatki związane z inwestycją objętą zezwoleniem z 2004 r., ponad minimalną kwotę wskazaną w zezwoleniu.
Spółka wyjaśniła, że kalkuluje limit przysługującej jej pomocy przy zastosowaniu wskaźnika maksymalnej intensywności regionalnej pomocy przewidzianej dla lokalizacji inwestycji. Od daty udzielenia zezwolenia nakłady inwestycyjne przekroczyły kwoty minimalnych wydatków inwestycyjnych, określone w zezwoleniu. Ponadto, spółka planuje zwiększyć wysokość ponoszonych nakładów inwestycyjnych w zadeklarowanej działalności strefowej.
Podatniczka zapytała czy ma prawo do korzystania z pomocy publicznej do wysokości wynikającej z sumy dostępnej intensywności pomocy publicznej oraz wydatków kwalifikowanych dla poszczególnych zezwoleń, z uwzględnieniem dotychczasowego poziomu wykorzystania puli zwolnienia i dyskontowania, bez konieczności alokowania dochodu uzyskanego z działalności na terenie SSE na poszczególne zezwolenia. Chodziło o to, czy uzyskiwany przez spółkę dochód z działalności na terenie strefy najpierw będzie korzystał ze zwolnienia w CIT na podstawie chronologicznie najwcześniejszego zezwolenia, a po wyczerpaniu dostępnej na jego podstawie pomocy publicznej (ewentualnie po jego wygaśnięciu), z kolejno następnych zezwoleń.
Fiskus odpowiedział, że prowadząc działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej, przedsiębiorca powinien oceniać dopuszczalny limit korzystania z pomocy publicznej (w tym ze zwolnienia dochodów z opodatkowania) odrębnie w odniesieniu do każdego posiadanego zezwolenia. W ocenie urzędników nie jest możliwe dyskontowanie pomocy publicznej, wynikającej łącznie ze wszystkich posiadanych zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej i chronologiczne wykorzystywanie limitów, wynikających z poszczególnych zezwoleń. W konsekwencji, jeżeli przedsiębiorca będzie prowadzić działalność na terenie strefy, będzie zobowiązany do prowadzenia ewidencji w sposób umożliwiający zapewnienie odrębnego ustalania osiągniętego dochodu lub poniesionej straty w odniesieniu do każdego z posiadanych zezwoleń.
Spółka zaskarżyła interpretację, a Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu ją uwzględnił. Uznał, że z obowiązujących przepisów nie wynika konieczność wydzielenia działalności co do każdego z zezwoleń na terenie danej strefy. Obowiązek wydzielenia organizacyjnego występuje wyłącznie wówczas, gdy przedsiębiorca prowadzi działalność również poza obszarem strefy.
