Paragraf 5 rozporządzenia Rady Ministrów z 10 grudnia 2008 r. w sprawie pomocy publicznej udzielanej przedsiębiorcom działającym na podstawie zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenach specjalnych stref ekonomicznych (DzU nr 232, poz. 1548) stanowi, że przedsiębiorca traci zwolnienie podatkowe w przypadku przeniesienia w jakiejkolwiek formie składników majątku, z którymi w określonym czasie były związane wydatki inwestycyjne. Mogłoby się wydawać, że na skutek zbycia udziałów w przedsiębiorstwie czy połączenia go z innym przedsiębiorstwem podmiot korzystający ze zwolnienia podatkowego na podstawie zezwolenia strefowego utraci swoje przywileje. Tak jednak nie jest, ponieważ w przypadku połączenia przez przejęcie, zmiany formy prawnej spółki, zmiany struktury właścicielskiej i podziału spółki mamy do czynienia z sukcesją generalną, czyli taką sytuacją, w której ogół praw i obowiązków przechodzi z jednego podmiotu na inny. Sukcesji podlegają zatem wszystkie uprawnienia i obowiązki, nie wyłączając uprawnień i przywilejów wynikających z posiadania zezwolenia strefowego.
Sukcesja generalna praw i obowiązków
Zmiana formy prawnej przedsiębiorstwa skutkuje przejściem praw i obowiązków podmiotu istniejącego (spółka przekształcana) na podmiot nowo utworzony (spółka przekształcona), co wynika bezpośrednio z art. 551 § 1 kodeksu spółek handlowych (dalej jako k.s.h.). Mamy zatem do czynienia z sukcesją generalną praw i obowiązków przekształcanej spółki, która skutkuje między innymi ciągłością własności i posiadania składników majątku spółki przekształcanej. Również na płaszczyźnie podatkowej, szczególnie ważnej dla przedsiębiorców strefowych, spółka przekształcona staje się sukcesorem praw i obowiązków spółki przekształcanej, co wynika z art. 93 ordynacji podatkowej (dalej jako o.p.).
Niezależnie od tego, czy spółka przekształcana jest osobową czy kapitałową spółką prawa handlowego i czy przekształcona zostaje w spółkę osobową czy kapitałową, zezwolenie strefowe udzielone spółce przekształcanej pozostanie w mocy i udzielona na jego podstawie pomoc publiczna będzie przysługiwała spółce przekształconej.
Przykład
X i Y są osobami fizycznymi, wspólnikami spółki jawnej, działającej na terenie SSE na podstawie zezwolenia strefowego. X i Y postanawiają przekształcić spółkę jawną w spółkę komandytową. Zezwolenie strefowe przysługujące spółce jawnej prowadzonej przez X i Y po przekształceniu będzie przysługiwało przekształconej spółce komandytowej. Ponieważ X i Y są osobami fizycznymi, podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych, którego wymiar będzie odpowiednio obniżony z tytułu posiadania przez X i Y zezwolenia strefowego.