W 2011 r. spółka wniosła aportem zorganizowaną część przedsiębiorstwa do innej spółki. W związku z tym objęła udziały w jej podwyższonym kapitale zakładowym. Wartość, o jaką został podwyższony kapitał zakładowy, odpowiadała wartości rynkowej wnoszonej aportem zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Cała wartość aportu została alokowana na kapitał zakładowy. Podatniczka tłumaczyła, że po dokonaniu aportu nie obejmowała ani nie nabywała kolejnych udziałów spółki, do której został on wniesiony. Ta, w styczniu 2013 r., została przekształcona w spółkę komandytowo-akcyjną (SKA). W wyniku przekształcenia wnioskodawczyni objęła akcje w SKA. Teraz rozważa jednak całkowite wycofanie się z inwestycji w SKA. Analizowane jest umorzenie wszystkich akcji lub udziałów w spółce z o.o. (jednorazowo lub w kilku etapach).
Spółka powzięła wątpliwość, w jaki sposób rozliczyć planowaną operację. Chodziło o to, w jakiej wysokości (wartości) należy ustalić koszt uzyskania przychodu w przypadku odpłatnego zbycia udziałów (akcji) w spółce, objętych w zamian za wkład niepieniężny – czy podstawą jego ustalenia ma być ewidencja rachunkowa, która była prowadzona przez spółkę wnoszącą aport, czy powinna to być ewidencja rachunkowa spółki, do której go wniesiono.
Spółka uważała, że wydatki te należy przyjąć w wysokości wynikającej z ewidencji otrzymującego aport. Fiskus twierdził natomiast, że w opisanym przypadku wartość kosztu ma być ustalana na podstawie ewidencji prowadzonej przez podmiot wnoszący wkład niepieniężny w postaci przedsiębiorstwa lub jego zorganizowanej części.
Spór trafił na wokandę, ale racji podatniczce nie przyznał ani Wojewódzki Sąd Administracyjny w Szczecinie, ani Naczelny Sąd Administracyjny.
NSA nie zgodził się, że w art. 15 ust. 1k pkt 2 ustawy o CIT pojawia się podmiot domyślny – spółka, do której wniesiono wkład niepieniężny – którego miałaby dotyczyć sporna ewidencja. W ocenie sądu, podstawowe znaczenie dla ustalenia znaczenia normy prawnej ma określenie czym jest koszt uzyskania przychodów, wymieniony w części wstępnej tego przepisu. Koszt, o którym traktuje ten przepis, to ten, o którym stanowi art. 15 ust. 1 ustawy o CIT. Kosztem podatkowym jest zatem wydatek, który został faktycznie i definitywnie poniesiony przez podatnika, a nie przez jakąkolwiek inną osobę.