Tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku II FSK 331/15 z 14 lutego 2017 r.
Z wnioskiem o wydanie interpretacji indywidualnej wystąpił podatnik będący wspólnikiem spółki cywilnej prowadzącej działalność gospodarczą w specjalnej strefie ekonomicznej (dalej: SSE). Wnioskodawca korzystał ze zwolnienia podatkowego na preferencyjnych zasadach przewidzianych dla tzw. małych przedsiębiorców.
Czytaj także: Specjalna strefa ekonomiczna - sporadyczna dostawa nie pozbawia zwolnienia z CIT
Powołując się na interpretację indywidualną Ministra Finansów skarżący twierdził, że po 31 grudnia 2011 r. może nadal korzystać ze zwolnienia strefowego w okresie ważności zezwolenia na zasadach obowiązujących małych przedsiębiorców od 1 maja 2004 r. Skarżący zwrócił się z pytaniem, czy przystąpienie do spółki nowego wspólnika spowoduje utratę prawa do zwolnienia strefowego przez dotychczasowych wspólników. Zdaniem organu interpretacyjnego, nie było podstaw by uznać, że skarżący ma prawo do zwolnienia podatkowego z tytułu działalności prowadzonej w SEE po 31 grudnia 2011 r. Organ argumentował, że poza regulacjami zawartymi w ustawie nowelizującej ustawę o SSE nie ma przepisów, które określałyby możliwość korzystania z pomocy publicznej przez tzw. „starych" przedsiębiorców. Przywołaną we wniosku interpretację indywidualną organ uznał za niewiążącą w aktualnym postępowaniu.
Zaskarżona przez podatnika interpretacja indywidualna została uchylona przez Wojewódzki Sąd Administracyjny (dalej: WSA). W ocenie WSA, nowelizacja przewidywała jedynie czasową możliwość zmiany zasad zwolnień określonych w ustawie o SSE. Nie odnosiła się ona natomiast do kompleksowej regulacji zwolnień podatkowych dochodów uzyskanych z działalności prowadzonej na terenie SSE. Sąd uznał, że po 31 grudnia 2011 r. małych przedsiębiorców, którzy uzyskali zezwolenie na prowadzenie działalności gospodarczej w SSE przed 1 stycznia 2001 r., obejmują regulacje przewidziane w ustawie o PIT.
