W grudnia 2015 r. fiskus wydał interpretację przepisów ustawy o CIT, która ostatecznie stała się kością niezgody między urzędnikami a spółką. Istota sporu sprowadza się zaś do kwestii, czy po przekształceniu spółki kapitałowej w osobową będzie ona miała prawo zaliczać do kosztów uzyskania przychodów – proporcjonalnie do udziału w zysku – pełne odpisy amortyzacyjne od środków wniesionych wcześniej aportem do spółki kapitałowej. W szczególności, czy w takiej sytuacji obowiązywały ograniczenia z art. 16 ust. 1 pkt 63 lit. d ustawy o CIT.
Czytaj także: Kiedy od usług niematerialnych trzeba pobrać podatek
Podatniczka uważała, że po przekształceniu, będzie miała ona prawo zaliczać do kosztów pełne odpisy amortyzacyjne. Fiskus zaś powołując się na art. 15 ust. 6 ustawy o CIT w związku z art. 93a § 2 pkt 1 lit. b ordynacji podatkowej stwierdził, że jeżeli w do przekształcanego miało zastosowanie ograniczenie w zakresie rozliczania kosztów to ma ono zastosowanie także do powstałego w wyniku przekształcenia.
Spółka nie zgodziła się z taką wykładnią przepisów. Zaskarżyła interpretację i wygrała w obu instancjach. Oddalając ostatecznie skargę kasacyjną fiskusa Naczelny Sąd Administracyjny przypomniał, że kwestia dotycząca kontynuowania spornego ograniczenia w stosunku do spółki osobowej powstałej wskutek przekształcenia kapitałowej była już przedmiotem wielu rozstrzygnięć. Z orzecznictwa wynika, że nie ma ono zastosowania do spółki osobowej powstałej z przekształcenia kapitałowej.
Zdaniem NSA fiskus błędne wywodzi stosowanie spornego ograniczenia z art. 93a § 2 pkt 1 lit. b ordynacji podatkowej, uznając, że choć zakreśla ona bardzo szerokie granice sukcesji podatkowej, to jednak doznają one ograniczenia.