Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w wyroku z 25 maja 2016 r. (I SA/Gd 307/16).
W 2008 r. spółka sprzedała prawo własności nieruchomości spółce powiązanej. Wartość sprzedawanej nieruchomości określono w akcie notarialnym na ponad 500 000 zł. W wyniku przeprowadzonej kontroli organy podatkowe uznały za prawidłowe ustalenie przychodu spółki za 2008 r., zakwestionowały jednak wartość transakcji sprzedaży przedmiotowej nieruchomości. W celu prawidłowego określenia dochodu spółki z tytułu tej transakcji, organy zastosowały procedurę określoną w art. 14 ust. 3 ustawy o CIT, tzn. wartość przedmiotu sprzedaży poddano analizie biegłego rzeczoznawcy.
Spółka zakwestionowała decyzję w zakresie dotyczącym określenia z udziałem biegłego przychodu uzyskanego przez nią ze tytułu sprzedaży nieruchomości. Biegły rzeczoznawca majątkowy wycenił bowiem nieruchomość na kwotę ponad 6 mln zł. Skarżąca zarzuciła, że organ powinien zastosować jedną z metod wyceny, które są uregulowane w art. 11 ustawy o CIT, a nie w art. 14 ust. 3 tej ustawy, gdyż stronami umowy były podmioty powiązane, tj. z jednej strony spółka sprzedająca nieruchomość, natomiast z drugiej strony wspólnicy skarżącej spółki, którzy posiadają 100 proc. jej udziałów.
W ocenie organu, z powodu istnienia zbyt dużej rozbieżności, należało przeprowadzić wycenę z uwzględnieniem operatu szacunkowego zrobionego przez biegłego rzeczoznawcę. W tym przypadku, zdaniem organu, nie miała zastosowania metodologia określona w art. 11 ustawy regulująca wycenę transakcji między podmiotami powiązanymi.
Sąd uchylił decyzję i stanął na stanowisku, że art. 11 ustawy o CIT stanowi lex specialis w stosunku do art. 14 ust. 3 tej ustawy, gdyż była to transakcja między podmiotami powiązanymi kapitałowo. Stąd, w ocenie sądu, sprawę należało ocenić przez pryzmat tych powiązań kapitałowych i w efekcie ustalić wartość nieruchomości przy wykorzystaniu jednej z metod przewidzianych w art. 11 ustawy o CIT.