Kolejna przeszkoda w stosowaniu przez podatników ulgi IP Box, stawiana na drodze podatników, związana jest z wymaganiem od nich prowadzenia ewidencji podatkowej „na bieżąco".
Linia interpretacyjna organów podatkowych zakłada, że podatnicy nie mogą skorzystać z ulgi IP Box, jeżeli zaprowadzą (utworzą) ewidencję podatkową np. dopiero przed sporządzeniem zeznania o dochodach osiągniętych za dany rok. Organy twierdzą, że ewidencja powinna być prowadzona „na bieżąco", ponieważ, rzekomo, tylko taka ewidencja spełnia warunki, o których mowa w przepisach regulujących ulgę IP Box (tak wskazano np. w interpretacji dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 30 września 2020 r., 0114-KDIP3-2.4011.446.2020.2.MJ).