Podatek ten został jednak zawieszony do końca 2019 r. Powodem była decyzja Komisji Europejskiej z 30 czerwca 2017 r., kwestionująca zgodność tego podatku z normami unijnymi. Komisji chodziło konkretnie o tworzenie nierówności między podatnikami – ci o mniejszym obrocie nie płaciliby podatku, co miałoby oznaczać ich finansowe uprzywilejowanie, a więc rodzaj pomocy publicznej.
Jednak ta decyzja Komisji Europejskiej została 16 maja 2019 r. unieważniona przez Sąd Unii Europejskiej w Luksemburgu (połączył sprawy o sygnaturach T-836/16 i T-624/17).
Zawieszenie podatku handlowego nie oznaczało, że rząd rezygnuje z chęci dodatkowego opodatkowania handlu detalicznego. Z początkiem 2018 r. wprowadzono bowiem podatek od budynków wynajmowanych na cele handlowe, a od początku tego roku rozszerzono go na każde gospodarcze wykorzystanie. Podatek ten płaci się od nadwyżki wartości wynajętego budynku ponad 10 mln zł, a stawka to 0,035 proc. tej wartości za każdy miesiąc (0,42 proc. rocznie). Danina od budynków może być neutralna dla podatników CIT i PIT, bo jej kwotę mogą odliczyć od kwoty zaliczek na podatek dochodowy.
Może się zatem okazać, że handel detaliczny będzie generował dwie dodatkowe daniny. Pierwszą, już obowiązującą, będzie podatek od właścicieli budynków wynajmowanych na cele gospodarcze. Drugą – podatek obrotowy od przychodów sklepów. Termin wprowadzenia tej drugiej wciąż jest kwestią otwartą, tym bardziej że wspomniany wyrok Sądu UE nie jest jeszcze ostateczny.
Gdyby rząd przyspieszył wejście w życie ustawy i nie zmienił jej głównych postanowień, to przekroczenie obrotu na poziomie 17 mln zł zobliguje daną firmę do zapłaty zaliczki na podatek. Zaliczki są płacone – tak jak w VAT – do 25. dnia kolejnego miesiąca. Ustawa zawiera liczne wyłączenia z opodatkowania, dotyczące sprzedaży m.in. energii elektrycznej, gazu ziemnego, węgla, olejów opałowych i leków.
Trzy lata temu, gdy uchwalano ustawę o podatku od sprzedaży detalicznej, rząd zakładał, że z tej daniny wpłynie do budżetu państwa około 1,5 mld zł rocznie.