Naczelny Sąd Administracyjny oddalił skargę kasacyjną fiskusa, który upierał się przy rygorystycznym podejściu do rozliczania preferencji przysługujących firmom działającym w specjalnych strefach ekonomicznych (SSE).
Sprawa dotyczyła spółki, która prowadziła działalność w strefie legnickiej. We wniosku o interpretację zaznaczyła, że działa na podstawie dwóch zezwoleń. Zapytała, czy prowadząc działalność strefową na podstawie wielu zezwoleń, może mieć jedną łączną ewidencję dla osiąganych z niej dochodów.
Oznacza to, że na takiej podstawie spółka ustalałaby zsumowany dochód zwolniony.
Fiskus takiej możliwości nie widział. Zauważył, że zezwolenie wydawane jest na prowadzenie działalności na terenie konkretnej strefy, zatem dane zezwolenie strefowe nie obejmuje całej działalności przedsiębiorcy strefowego, lecz wyłącznie działalność w strefie, której ono dotyczy. Urzędnicy podkreślali, że przedmiotem zezwolenia jest zawsze jedna inwestycja skonkretyzowana w toku procedury jego wydawania, a dopuszczalna pomoc publiczna powinna być ustalana odrębnie dla każdej inwestycji. W konsekwencji w ich ocenie spółka ma obowiązek odrębnego ustalania osiągniętego dochodu lub poniesionej straty (za dany rok podatkowy) w odniesieniu do każdego z posiadanych zezwoleń. To w celu ustalenia dochodu zwolnionego z opodatkowania (bądź straty), przypadającego na każde z zezwoleń na prowadzenie działalności w strefie. Dlatego firma działająca w strefie ma obowiązek prowadzenia odrębnej ewidencji dla poszczególnych projektów, na które zostały wydane odrębne zezwolenia strefowe.
Zdaniem fiskusa niedopuszczalne jest dyskontowanie pomocy publicznej wynikającej łącznie ze wszystkich posiadanych zezwoleń na prowadzenie działalności gospodarczej w SSE i chronologiczne wykorzystywanie limitów wynikających z poszczególnych zezwoleń w odniesieniu do sumy dochodów uzyskanych z działalności strefowej.
