NSA zaakceptował
Takie podejście zostało zaakceptowane w wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 3 lutego 2017 r. (II FSK 4056/14). W orzeczeniu tym NSA potwierdził za podatnikiem oraz sądem pierwszej instancji, że skorzystanie przez podatnika z instytucji odpisu na fundusz innowacyjności (stanowiącego ulgę podatkową) jest instrumentem wsparcia działalności innowacyjnej przez państwo i nie uniemożliwia podatnikowi zaliczenia do kosztów podatkowych wydatków sfinansowanych ze środków tego funduszu.
Warto jednak wskazać, że w praktyce podejście zaakceptowane przez NSA może zostać zakwestionowane przez organy podatkowe, twierdzące że ten sam wydatek nie może zostać potraktowany jako koszty podatkowy dwukrotnie. (patrz: uchylona wyrokiem WSA w Warszawie z 13 sierpnia 2014 r., III SA/Wa 580/14, interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 15 października 2013 r., IPPB3/ 423-549/13-2/GJ).
Trzeba przy tym zaznaczyć, że z funduszu innowacyjności podatnik może pokrywać jedynie wydatki związane z prowadzoną przez niego działalnością B+R, tzn. środków funduszu nie można przeznaczyć na inne cele. Dodatkowo, środki funduszu innowacyjności wykorzystane na finansowanie działalności B+R stanowią pomoc publiczną (szczegółowe zasady wyliczania wartości udzielonej pomocy publicznej określa rozporządzenie ministra gospodarki w sprawie funduszu innowacyjności).
Czy można obniżyć przychody trzykrotnie
W kontekście pozytywnego wyroku NSA, potwierdzającego możliwość zaliczenia do kosztów podatkowych odpisu na fundusz innowacyjności, jak również finansowanych z niego wydatków na działalność badawczo-rozwojową, warto rozważyć możliwość uzyskania jeszcze większych korzyści podatkowych poprzez dodatkowe skorzystanie z dostępnej od 2016 r. ulgi na działalność badawczo-rozwojową. Od 2017 roku ulga pozwala obniżyć przychody przedsiębiorców nawet o 150 proc. wartości poniesionych kosztów kwalifikowanych (koszty uzyskania przychodów plus dodatkowe odliczenia w ramach ulgi).
Przepisy ustawy o CIT regulujące ulgę na działalność badawczą rozwojową wykluczają zastosowanie ulgi w przypadku kiedy koszty kwalifikowane (wydatki B+R) zostały podatnikowi zwrócone w jakiejkolwiek formie lub podatnik prowadził w roku podatkowym działalność na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia. Posiadanie statusu CBR wraz z korzystaniem z korzyści podatkowych związanych z tym statusem, nie powinno zatem wykluczać możliwości dodatkowego skorzystania z ulgi na działalność badawczo-rozwojową. W efekcie, przedsiębiorstwo posiadające status CBR, dokonujące odpisów na fundusz innowacyjności, zaliczające w bieżące koszty podatkowe wydatki na działalność B+R oraz dokonujące dodatkowego odpisu w wysokości 50 proc. kosztów kwalifikowanych mogłoby obniżyć swoje przychody aż o 250 proc. poniesionych wydatków B+R.