Postępowania w sprawach, w których może zostać zastosowana klauzula obejścia prawa podatkowego, prowadzi Szef Krajowej Administracji Skarbowej. Co więcej, organ ten, w drodze postanowienia, przejmuje takie sprawy już prowadzone przez inne organy podatkowe („Dzień dobry, KAS – przejmujemy sprawę").
Na piśmie i z uzasadnieniem
Szef KAS może, a na wniosek podatnika – musi, zasięgnąć opinii Rady ds. Przeciwdziałania Unikaniu Opodatkowania. W trakcie procesu opiniowania, Szef KAS oraz podatnik mogą pisemnie przedłożyć Radzie własne stanowisko w sprawie, a podatnik ponadto dodatkowe dokumenty. W posiedzeniu Rady może uczestniczyć Szef KAS oraz podatnik lub jego pełnomocnik, jeżeli zostaną zaproszeni przez przewodniczącego Rady. Rada nie może zaprosić do udziału w swoich posiedzeniach wyłącznie Szefa KAS. Rada wydaje pisemną opinię co do zasadności zastosowania klauzuli w danej sprawie, wraz z uzasadnieniem. Co ciekawe, poszczególni członkowie Rady, działając razem lub osobno, mogą zgłosić pisemne zdanie odrębne do takowej opinii wraz z uzasadnieniem, które doręczane są Szefowi KAS i podatnikowi wraz z opinią. Opinie wydane przez Radę, po usunięciu z nich danych identyfikujących podatnika lub inne podmioty, są publikowane w BIP.
Niewydanie opinii w terminie trzech miesięcy od dnia otrzymania akt sprawy traktuje się na równi z wydaniem opinii potwierdzającej słuszność zastosowania klauzuli, z wyjątkiem przypadków, gdy o opinię wystąpił podatnik.
Można korygować deklaracje
Jeżeli w optymalizacji brały udział także inne podmioty, to po wydaniu decyzji przez Szefa KAS lub po skorygowaniu deklaracji przez podatnika w czasie postępowania podatkowego (w przypadku postępowań klauzulowych, trwanie postępowania nie pozbawia podatnika prawa do skutecznego złożenia korekty) te inne podmioty mogą złożyć korekty swoich deklaracji, odpowiednio uwzględniając usunięcie korzyści podatkowych na skutek zastosowania klauzuli.
Rada jest ciałem kolegialnym i niezależnym. Składa się z przedstawicieli środowisk m.in. naukowego, sędziowskiego, doradczego, fiskalnego. Opinie Rady są w postępowaniu podatkowym kwalifikowanym dowodem, który formalnie nie jest wiążący ani dla sądu administracyjnego, ani nawet dla Szefa KAS. W praktyce z pewnością będą one jednak miały moc de facto rozstrzygającą, wiec kluczem postępowań klauzulowych będzie przekonywanie Rady, tak przez Szefa KAS, jak i przez podatników.