Tak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w wyroku z 19 lutego 2019 r. (I SA/Gd 49/19).
Spółka prowadzi działalność gospodarczą na terenie specjalnej strefy ekonomicznej (SSE) na podstawie trzech zezwoleń. Zgodnie z art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT w związku z art. 12 ustawy o SSE, spółka będzie kwalifikowała przychody uzyskane z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie SSE, objętej zezwoleniami, jako wolne od podatku. W związku z tym spółka zwróciła się do organu podatkowego z pytaniem czy dla celów określania wysokości dochodu/straty z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej na terenie SSE na podstawie zezwoleń, będzie uprawniona do prowadzenia jednej, łącznej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z CIT. Chciała także wiedzieć czy obejmując zwolnieniem dochód z działalności może korzystać z limitów chronologicznie.
Czytaj także: CIT: przedsiębiorca strefowy nie musi dzielić limitów - wyrok NSA
Zdaniem spółki, będzie ona uprawniona do prowadzenia jednej, łącznej ewidencji dla działalności podlegającej zwolnieniu z CIT. Zgodnie z art. 12 ust. 2 ustawy o SSE, w przypadku gdy przedsiębiorca posiada co najmniej dwa zezwolenia, przyjmuje się, że rozliczenie pomocy publicznej następuje zgodnie z kolejnością wydawania zezwoleń. Organ podatkowy w interpretacji z 2 listopada 2018 r. (0111-KDIB1-3.4010.431.2018.1.JKT) nie zgodził się ze stanowiskiem spółki i stwierdził, że spółka zobowiązana jest do prowadzenia ewidencji spełniającej wymogi określone w art. 9 ust. 1 ustawy o CIT, czyli w sposób umożliwiający zapewnienie odrębnego ustalania osiągniętego dochodu lub poniesionej straty dla pierwszego zezwolenia i odrębnego dla dwóch następnych.
Sąd podzielił stanowisko zaprezentowane przez spółkę i uchylił zaskarżoną interpretację. Zdaniem sądu, wszelkie ograniczenia i wymagania odnoszące się do prowadzenia ewidencji muszą wynikać z przepisów prawa. Żaden z przepisów ustawy o CIT ani ustawy o SSE nie nakłada na podatników działających w SSE obowiązku wydzielenia czy prowadzenia osobnej ewidencji dla każdego zezwolenia, bez względu na to kiedy ono było wydane. Sąd uchylił interpretację, gdyż uznał, że została wydana z naruszeniem przepisów prawa materialnego.
