Tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku II FSK 3357/14 z 13 grudnia 2016 r.
Spółka prowadziła działalność gospodarczą w Specjalnej Strefie Ekonomicznej. Zezwolenie na działalność w strefie obejmowało działalność produkcyjną, handlową i usługową. Spółka w ramach swojej działalności dokonywała m.in. sprzedaży odpadów produkcyjnych. Przychody i koszty związane z gospodarką odpadami spółka zaliczyła do działalności strefowej, zwolnionej od opodatkowania.
Zdaniem dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie powstanie odpadów będących efektem określonego procesu produkcyjnego i konieczność ich zagospodarowania, unieszkodliwienia lub wyzbycia się, to dwa zdarzenia gospodarcze, faktycznie powiązane ze sobą, lecz dotyczące odmiennych sfer (zakresów) działalności. Sprzedaż odpadów nie jest uzupełnieniem działalności, w wyniku której powstają, lecz innym rodzajem działalności podmiotu je wytwarzającego i stanowi odrębne źródło przychodów. Tym samym organ nie podzielił stanowiska spółki, zgodnie z którym dochody z działalności związanej ze sprzedażą odpadów, jako z działalności pomocniczej do produkcji, podlegają zwolnieniu, pomimo iż gospodarka odpadami (sprzedaż, inna forma ich zagospodarowania) nie jest wymieniona w zezwoleniu. Działalność, której dotyczy zwolnienie musi wynikać z zezwolenia, a nie jedynie z jej gospodarczego związku.
Wojewódzki Sąd Administracyjny wprawdzie uwzględnił skargę, lecz nie podzielił wszystkich zarzutów w niej podniesionych. Następnie podkreślił, że dla ustalenia, jakie dochody (uzyskiwane przez spółkę prowadzącą działalność gospodarczą na terenie specjalnej strefy ekonomicznej) zwolnione będą z podatku dochodowego, konieczne jest uwzględnienie wszystkich elementów zezwolenia. W zezwoleniu, którym dysponowała spółka nie wymieniono sprzedaży odpadów. Z tego względu chociaż sprzedaż odpadów jest powiązana z działalnością spółki zwolnioną od podatku, to zdaniem WSA, nie pozostaje z tą działalnością w takim związku funkcjonalnym, że w ogóle warunkuje jej prowadzenie - wytworzenie odpadów nie jest bowiem tożsame z ich sprzedażą (handlem takimi odpadami). Tym samy WSA zakwalifikował przychody uzyskane przez spółkę ze sprzedaży odpadów jak niepodlegające zwolnieniu z opodatkowania na podstawie art. 17 ust. 1 pkt. 34 updop.
Naczelny Sąd Administracyjny podzielając stanowisko WSA wskazał, że zarówno art. 12 u.s.s.e. jak i art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., odwołujący się w swej treści do art. 16 ust. 1 u.s.s.e., wiążą prawo do zwolnienia z posiadaniem zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej z respektowaniem warunków określonych w tym zezwoleniu. Przepisy te stanowią mianowicie o zwolnieniu z podatku dochodów uzyskanych z działalności prowadzonej na strefy "w ramach" bądź "na podstawie" zezwolenia strefowego. W konsekwencji zdaniem Naczelnego Sądu Administracyjnego zwolnieniu od podatku dochodowego od osób prawnych, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 u.p.d.o.p., podlega tylko dochód z działalności gospodarczej, prowadzonej na terenie strefy, stosownie do uzyskanego zezwolenia na prowadzenie działalności w granicach strefy. Jeżeli zatem dany rodzaj działalności gospodarczej nie został wymieniony w zezwoleniu, to uzyskany z tej działalności dochód nie korzysta ze zwolnienia podatkowego.