Spór w sprawie dotyczył rozliczenia działalności prowadzonej w specjalnej strefie ekonomicznej (SSE). Z wniosku o interpretację wynikało, że spółka prowadzi działalność gospodarczą m.in. na terenie strefy na podstawie dwóch zezwoleń, tj. z 2012 r. i z 2014 r., związanego z dalszą rozbudową istniejącego już przedsiębiorstwa. Podatniczka wskazała, że działalność strefowa prowadzona jest w jednej lokalizacji. Zakres rodzajów działalności prowadzonych na terenie SSE, określony w zezwoleniach, jest tożsamy. Na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT firma korzysta ze zwolnienia podatkowego dla dochodów uzyskanych z działalności gospodarczej prowadzonej na terenie strefy.
Podatniczka zapytała m.in. czy w opisanej sytuacji ma obowiązek prowadzenia ewidencji rachunkowej odrębnie dla każdego zezwolenia. Uzasadniając swoje zdanie na ten temat stwierdziła, że nie ma przepisów nakładających obowiązek prowadzenia odrębnej księgowości podatkowej dla każdego z projektów, na które zostały wydane zezwolenia strefowe.
Innego zdania był jednak fiskus. Uznał, że spółka prowadząc działalność gospodarczą na terenie SSE na podstawie dwóch zezwoleń nie może prowadzić jednej łącznej ewidencji dla dochodów osiąganych z niej na podstawie wszystkich zezwoleń. Skarżąca nie ma również prawa do korzystania z pomocy publicznej do wysokości wynikającej z sumy dostępnej intensywności pomocy publicznej bez konieczności alokowania dochodu uzyskanego z działalności strefowej na poszczególne zezwolenia.
Spółka zaskarżyła interpretację, ale Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu oddalił jej skargę. Jego zdaniem, wbrew twierdzeniom skarżącej, nie jest dopuszczalne rozliczenie dostępnej pomocy publicznej wspólnie dla kilku zezwoleń. Zakres zwolnienia został bowiem ściśle powiązany z zakresem zezwolenia strefowego, które obejmuje zindywidualizowany rodzaj działalności gospodarczej związany z konkretną inwestycją. Sąd podkreślił, że pogląd ten ma odzwierciedlenie w orzecznictwie. Wynika z niego, że zakres zwolnienia jest uzależniony od treści konkretnego zezwolenia.
Zdaniem WSA bez znaczenia jest to, że zakres rodzajów działalności prowadzonej przez skarżącą na terenie strefy, określony w zezwoleniach, jest tożsamy w zakresie działalności operacyjnej. Sąd nie kwestionował, że zakres działalności określonej w zezwoleniach jest tożsamy z zakresem działalności rzeczywiście prowadzonej na terenie strefy. Ale w jego ocenie nie sposób wysnuć z tego wniosku, że oba z udzielonych zezwoleń obejmują swoim zakresem działalność identycznego rodzaju.
