Firma wystąpiła o wykładnię przepisów o CIT w zakresie zaliczenia do wartości początkowej wynagrodzenia zapłaconego za nabycie zintegrowanego systemu informatycznego oraz dokonywania odpisów amortyzacyjnych. Z wniosku wynikało, że zakład zakupił zintegrowany system informatyczny. Za wykonanie umowy kontrahent otrzymał wynagrodzenie obejmujące wszelkie koszty z nią związane, w tym koszty szkoleń pracowników z zakresu obsługi, koszty dostawy i wdrożenia, udzielenia licencji dla oprogramowania, dostawy urządzeń niezbędnych do prawidłowej pracy wraz z wymaganymi certyfikatami, atestami, wsparcia i gwarancji oraz koszty transportu, podróży, niezbędnych opłat i podatków łącznie z VAT. Spółka wskazała ponadto, że zgodnie z umową oprogramowanie wraz z dostarczoną dokumentacją jest przedmiotem praw autorskich i podlega ochronie. Wykonawca jako licencjodawca udzielił spółce licencji. Z wyjaśnień podatniczki wynikało jednak, że nie zostało na nią przeniesione autorskie prawo majątkowe.
Fiskus miał odpowiedzieć na dwa pytania dotyczące CIT. Po pierwsze, czy wynagrodzenie zapłacone za nabycie opisanego systemu informatycznego stanowi w całości wartość początkową. Po drugie, czy okres dokonywania odpisów amortyzacyjnych od wartości niematerialnej i prawnej, tj. zintegrowanego systemu informatycznego, nie może być krótszy niż 24 miesiące (z art. 16m ust. 1 pkt 1 ustawy o CIT.)
Urzędnicy ograniczyli swoją odpowiedź do pierwszego problemu. Zauważyli, że w opisanym przypadku mamy do czynienia z umową o korzystanie ze zintegrowanego systemu informatycznego, która nie przenosi na licencjobiorcę żadnych praw autorskich do niego, i w następstwie której spółka może eksploatować takie oprogramowanie tylko w zakresie, w jakim jest to niezbędne do korzystania z niego zgodnie z przeznaczeniem. Ostatecznie fiskus stwierdził, że wynagrodzenia zapłaconego przez spółkę za nabycie zintegrowanego systemu informatycznego nie można uznać za cenę jego nabycia, będącą wartością początkową praw majątkowych, w tym licencji i autorskich praw majątkowych.
W konsekwencji urzędnicy uznali, że wynagrodzenie powinno być oceniane i kwalifikowane na zasadach ogólnych. Spełnia ono przesłanki określone w art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, a związek z przychodami ma charakter pośredni. Dlatego moment ich potrącalności jest określony w art. 15 ust. 4d i 4e tej ustawy.
Inaczej sporną sytuację ocenił jednak WSA w Gorzowie Wielkopolskim. Uwzględniając skargę spółki podzielił jej stanowisko, że umowa o korzystanie z oprogramowania (czyli licencja w rozumieniu art. 41 ust. 2 ustawy o prawie autorskim) jest prawem majątkowym (wartością niematerialną i prawną) podlegającym amortyzacji na podstawie art. 16b ust. 1 pkt 4 i 5 ustawy o CIT. W jego ocenie sporna umowa bezsprzecznie dotyczyła bowiem korzystania z utworu, jakim bez wątpienia jest program komputerowy (art. 1 ust. 1 ustawy o prawie autorskim).