We wniosku o interpretację spółka wyjaśniła, że w czerwcu 2014 r. otrzymała zezwolenie na prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej (SSE). Spółka prognozuje, że pierwszy dochód osiągnie w 2019 r. Dalej tłumaczyła, że do tego czasu, w związku z wydatkami inwestycyjnymi, będzie ponosić stratę. Spodziewa się też, że limit pomocy publicznej przypadający na zwolnienie w CIT zostanie przez nią wykorzystany w 2019 r. W związku z tym, że wartość inwestycji jaką zrealizuje, wielokrotnie przewyższa maksymalną wysokość kosztów kwalifikowanych inwestycji, spółka przekroczy limit dopuszczalnej pomocy publicznej na długo przed upływem terminu zakończenia inwestycji określonego w zezwoleniu. W tej sytuacji zapytała, czy po wyczerpaniu limitu dopuszczalnej pomocy publicznej i zakończeniu korzystania ze zwolnienia na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy o CIT będzie mogła rozliczyć powstałą do tego czasu stratę na zasadach określonych w art. 7 ust. 5 ustawy o CIT.
Fiskus nie widział takiej możliwości. Zauważył, że spółka uzyskała zezwolenie na prowadzenie działalności na terenie strefy i ma ona prawo skorzystać z pomocy publicznej w postaci zwolnienia z opodatkowania dochodów uzyskanych z tej działalności. Skoro zatem dochód uzyskany przez spółkę może być wolny od podatku, to zgodnie z art. 7 ust. 3 ustawy o CIT przychodów z działalności prowadzonej na terenie strefy i kosztów ich uzyskania nie uwzględnia się przy ustalaniu dochodu stanowiącego podstawę opodatkowania. Jak tłumaczył fiskus, wartości te nie są brane pod uwagę również przy ustalaniu straty (art. 7 ust. 4 ustawy o CIT). Oznacza to, że strata poniesiona przez spółkę w wyniku prowadzenia działalności strefowej nie jest stratą podatkową w rozumieniu art. 7 ust. 2 ustawy o CIT.
Najpierw rację fiskusowi przyznał Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu. Przypomniał, że co do zasady przepisy o ulgach podatkowych, jako przewidujące wyjątki od zasady powszechnego opodatkowania, powinny być interpretowane ściśle. WSA zwrócił uwagę na regulacje związane z cofnięciem podatnikowi zezwolenia w strefie. Wynikający z nich tryb zapłaty podatku po cofnięciu zwolnienia wskazuje, że uzyskanie przez przedsiębiorcę pomocy publicznej w postaci zwolnienia podatkowego związane jest wyłącznie z uzyskanym dochodem z działalności gospodarczej w strefie, a nie z poniesioną stratą z tej działalności.
Takiego samego zdania był Naczelny Sąd Administracyjny. Uznał, że art. 7 ust. 5 ustawy o CIT, regulujący prawo do obniżania dochodu o straty poniesione w latach ubiegłych, nie ma zastosowania do dochodów i strat poniesionych w związku z prowadzeniem działalności gospodarczej w specjalnej strefie ekonomicznej, niezależnie od wysokości tych strat oraz okresu zwolnienia podatkowego, w którym zostały poniesione. Konstytucyjna zasada równości i powszechności opodatkowania nie uzasadnia, żeby beneficjent zwolnienia podatkowego korzystał – także i ponadto – z prawa do obniżenia podstawy opodatkowania o neutralną podatkowo stratę ekonomiczną, poniesioną w okresie wskazanego przywileju podatkowego.
NSA podkreślił, że ustawodawca nie przewidział możliwości uwzględnienia – po utracie zwolnienia – straty ekonomicznej, poniesionej w czasie zwolnienia podatkowego.
