Przy ustalaniu wynagrodzenia pracownika niepełnoetatowego pracodawca powinien kierować się ogólnymi zasadami dotyczącymi wynagradzania, w tym także tą, że pracownicy mają prawo do jednakowego wynagrodzenia za jednakową pracę lub za pracę o jednakowej wartości (art. 185c k.p.). Pracownika zatrudnionego na część etatu nie wolno dyskryminować w zakresie wynagradzania, jednak warunki wynagradzania należy ustalić z uwzględnieniem proporcjonalności wynagrodzenia za pracę i innych świadczeń związanych z pracą do jego wymiaru czasu pracy (art. 292 k.p.). Do innych świadczeń należy zaliczyć świadczenia pieniężne, np. składki odprowadzane do pracowniczego programu emerytalnego, i niepieniężne (np. samochód służbowy).
Wynagrodzenie za pracę w niepełnym wymiarze powinno być proporcjonalne do wynagrodzenia przewidzianego na pełnym etacie. Pracodawca może jednak zwiększyć wymiar czasu pracy pracownika bez podniesienia pensji (zob. wyrok SN z 17 września 2008 r., I PK 128/08).
Pracodawca musi przy tym zachować zasadę jednakowego wynagrodzenia za jednakową pracę lub za pracę o jednakowej wartości. Działaniem dyskryminującym będzie zarówno przyznanie niższego wynagrodzenia i świadczeń, niż wynika to z zastosowania zasady proporcjonalności, jak i zwiększenie wynagrodzenia czy świadczeń w stosunku do osób zatrudnionych w pełnym wymiarze czasu pracy.
Proporcjonalnie do wymiaru czasu pracy ulegają zmniejszeniu również kwoty wynagrodzenia wolne od potrąceń (art. 871 § 2 k.p.).
Pracowników zatrudnionych na część etatu dotyczą także przepisy ustawy z 10 października 2002 r. o minimalnym wynagrodzeniu za pracę (DzU nr 200, poz. 1679 ze zm.), z zastrzeżeniem, że wysokość minimalnego wynagrodzenia ustala się w kwocie proporcjonalnej do liczby godzin pracy przypadającej do przepracowania przez pracownika w danym miesiącu.
