Podczas przygotowań do agresji na Czechosłowację szefostwo WSW powołało grupy operacyjne. Główna znajdowała się przy kierownictwie „Pochmurnego lata '68", czyli manewrów, które jeszcze przed inwazją służyły zastraszeniu czechosłowackich polityków. Miała ona nie tylko kierować pozostałymi grupami operacyjnymi i koordynować ich działania, ale też przekazywać informacje organom kontrwywiadu Zjednoczonych Sił Zbrojnych Układu Warszawskiego.
Kolejne grupy obsadzono przy szefostwie WSW w sformowanej na potrzeby przyszłej inwazji 2. Armii Wojska Polskiego oraz przy poszczególnych dywizjach. Powołano też grupy specjalne, które we współpracy z wywiadem wojskowym i grupami manewrowymi Ministerstwa Spraw Wewnętrznych namierzały i unieruchamiały radiostacje oraz wykrywały „nielegalne" drukarnie.
Za młodzi na ostrą amunicję
Przed przygotowaniami do ćwiczeń WSW sprawdziła wszystkie osoby, które miały wejść w skład 2. Armii WP. Nie wszyscy żołnierze dostali od kontrwywiadu wojskowego zgodę na działalność poza granicami kraju.
Podczas ćwiczeń WSW rozpoznała teren przyszłej inwazji, robiąc wykazy osób pełniących funkcje we władzach Komunistycznej Partii Czechosłowackiej oraz w czechosłowackiej służbie bezpieczeństwa i milicji. Ustalono także dane potencjalnie niebezpiecznych działaczy politycznych, dziennikarzy i naukowców.
Gdy 21 sierpnia 1968 r. rozpoczęła się operacja „Dunaj", dla zapobieżenia dezercjom i chronienia obywateli Czechosłowacji przed nieuzasadnionym użyciem broni przez żołnierzy utworzono 17 komend garnizonowych z obsadą oficerów WSW, funkcjonariuszy MSW i dowództwa WP. Starano się izolować polskich żołnierzy od miejscowej ludności, tak by się z nią nie solidaryzowali. Zarząd WSW 2. Armii musiał w tym momencie inwigilować ponad 27 tysięcy żołnierzy wchodzących w skład armii oraz robić rozpoznanie ludności cywilnej na terenie okupowanym.
