Na początku maja 1945 r. Ziereis wraz z żoną i synem (któremu pozwalał strzelać do więźniów) uciekł i ukrył się w schronisku w górach Górnej Austrii. Po kilku dniach został jednak ujęty, a w trakcie zatrzymania został postrzelony przez amerykańskich żołnierzy. 24 maja już po przesłuchaniu – jak wynika z artykułu opublikowanego w październiku 1946 r. gazecie „Commentary Magazin" (tytuł: „Śmierć zabójcy") odwiedził go syn. Po śmierci jego ciało zostało rozebrane, więźniowie okaleczyli je i namalowali na nim czerwoną farbą runy SS, swastykę, a także napis „Heil Hitler". Nagie ciało zostało powieszone na obozowym ogrodzeniu w Gusen. Wisiało przez wiele dni. Odnaleziony protokół opisuje ostatnie chwile komendanta. Wynika z niego, że został on ujęty 23 maja 1945 r. około godz. 18 w schronisku Spital am Phyrn i postrzelony przez żołnierzy w czasie ucieczki w lewe ramię i plecy, „przy czym kula przeszła przez brzuch i przebiła oponę" (pisownia oryginalna – dop. red.). W szpitalu w Gusen do którego został przewieziony wyraził chęć złożenia zeznań.
Komora gazowa jak łazienka
Na początku przyznał, że zgodnie z rozkazem Himmlera oraz na polecenie Kaltenbrunnera (szef Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA) – dop. red.) miał wszystkich więźniów zgładzić, „a mianowicie mieli być więźniowie zaprowadzenie do sztolni, wejście do nich miały być już uprzednio zamurowane, tak że pozostać miało tylko jedno miejsce, a następnie miałem sztolnie wysadzić w powietrze". „Odmówiłem wykonania tego rozkazu, chodziło tutaj o więźniów z obozów Gusen I i Gusen II" – stwierdził Ziereis i następnie podał nazwiska SS-manów, którzy mieli coś na ten temat wiedzieć.
Dalej zaś opisywał warunki panujące w obozie. „W obozie Mauthausen wydany został na zarządzenie miejscowego lekarza SS Hauptsturmfuhrera Krebsa, zakład do gazowania więźniów imitujący łazienki, w tych rzekomych łazienkach pozbawiano życia więźniów przy pomocy gazów. Ponadto kursowało z Mauthausen do Gusen specjalne auto, w którym gazowano więźniów podczas jazdy. Samochód ten dał do dyspozycji aptekarz SS Hauptsturmfuhrer Wasicky. Ja sam nigdy nie nakładałem gazu do samochodu, a prowadziłem tylko samochód. Wiedziałem jednak, o tem, że więźniowie mają być w samochodzie zagazowani". Następnie stwierdził, że zabijanie więźniów odbywało się pod nadzorem lekarza Krebsbacha, który „w tej chwili znajduje się w Kassel". „Został on z SS wydalony, gdyż przyjęcie do SS uzyskał podstępnie. Wymieniony był wolnomularzem i grał w podwójne karty".
Jego zdaniem wszystkie egzekucje były zarządzanie albo przez RSHA, albo Himmlera, Heidricha, grupenfuhrehra Mullera lub „dr Kaltenbrunnera szefa policji bezpieczeństwa". „O ostatnich mniej więcej 800 więźniach, którzy zostali zamordowani w Gusen II siekierami i pałkami, albo utopieni nic nie wiedziałem" – odpowiedział na zadane pytanie. Ziereis stwierdził też, że nic nie wiedział o 640 więźniach, którzy zostali zagazowani w obozie Gusen I na bloku 31 przez niemieckich więźniów. Stwierdził, że nie wie gdzie znajduje się Hauptscharfuhrer Jentzsch, „który w Gusen I zamordował około 700 więźniów". Następnie opisał sposób zabijania w wykonaniu tego funkcjonariusza. „Więźniów kąpano przy 12 stopniowym mrozie w lodowato zimnej wodzie około 3 godzin, a następnie musieli stanąć pod gołym niebem na mrozie przez kilka godzin aż zginęli. O tych mordach też mi nic nie wiadomo".
Komendant nie wiedział też, gdzie znajdują się inni lekarze SS (m.in. Kiesewetter, Richter), którzy dokonywali eksperymentach na więźniach np. wycinali im część mózgu, nie znał losów Fritza Miroffa, który „zastrzelił w Peggau (podobóz – dop. red.) 15 chorych więźniów". Dalej stwierdził „mimo, że wszelkie kary cielesne (bicie) musiały być zatwierdzone przez Berlin biłem często więźniów dla przyjemności".
Opisał, że otrzymał rozkaz wypędzania więźniów do lasu, aby zbierali jagody i pędy drzew, bo nie było pożywienia, zmniejszone zostały racje chleba z 750 g dziennie na 350 g tygodniowo. „W ostatnich 12 dniach nie mieliśmy w ogóle chleba i mięsa" – przyznał.