Nowe przepisy uchwalono przede wszystkim w celu pełnego wdrożenia do polskiego porządku prawnego Ramowej Dyrektywy Wodnej. Powołane zostanie Państwowe Gospodarstwo Wodne Wody Polskie, które będzie zarządzać ogromnym majątkiem. W skład Wód Polskich wchodzić będą cztery do tej pory odrębne instytucje: Krajowy Zarząd Gospodarki Wodnej, regionalne zarządy gospodarki wodnej, zarządy zlewni oraz nadzory wodne.
Zarządy gospodarki wodnej będą przykładowo wydawać większość pozwoleń wodnoprawnych. Niektóre pozwolenia wodnoprawne wydawać będą również zarządy zlewni. Pewne zadania z zakresu gospodarowania wodami wykonywać będą nadal również organy jednostek samorządu terytorialnego (w szczególności starostowie). Będą one miały jednak mniejsze niż obecnie kompetencje. Pozwolenia wodnoprawne będą udzielane przez organy Wód Polskich.
Usługi wodne
Istotną zmianą będzie również wprowadzenie opłat za usługi wodne. Usługi te mają polegać na zapewnieniu możliwości korzystania z wód. Ustawodawca wskazał katalog działań, które stanowić mają usługi wodne. Wymieniono wśród nich: pobór wód podziemnych lub wód powierzchniowych, piętrzenie, magazynowanie lub retencjonowanie wód podziemnych i wód powierzchniowych oraz korzystanie z tych wód, wprowadzanie ścieków do wód lub do ziemi, obejmujące także wprowadzanie ścieków do urządzeń wodnych.
Zgody wodno prawne
Nowe Prawo wodne wprowadziło zmiany w systemie pozwoleń i zgłoszeń wodnoprawnych. Wszelkie tego rodzaju rozstrzygnięcia administracyjne zostały objęte nowym pojęciem: zgoda wodnoprawna. Jej udzielenie następuje przede wszystkim poprzez: wydanie pozwolenia wodnoprawnego, przyjęcie zgłoszenia wodnoprawnego oraz wydanie oceny wodnoprawnej.
Zgodnie z nową ustawą pozwolenie wodnoprawne będzie wymagane m.in. na usługi wodne, szczególne korzystanie z wód czy też na wykonywanie urządzeń wodnych. Decyzję taką trzeba będzie także uzyskać na lokalizowanie na obszarach szczególnego zagrożenia powodzią nowych przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko oraz nowych obiektów budowlanych. Natomiast regulacje dotyczące zgłoszenia wodnoprawnego nie uległy znaczącym zmianom.