Ich celem jest ochrona różnych wartości środowiska biologicznego, których zachowanie jest ważniejsze od rozwoju gospodarczego na danym terenie. Co do zasady, przedsiębiorca nie ma prawa podejmować działań, które mogą osobno, lub w połączeniu z innymi czynnościami, negatywnie oddziaływać na ochronę obszaru Natura 2000. Rozumie się przez to zakaz podejmowania działań, które mogą wpłynąć na pogorszenie stanu chronionych siedlisk przyrodniczych lub siedlisk gatunków roślin i zwierząt, na chronione na tym obszarze gatunki czy też integralność obszaru Natura 2000 lub jego powiązania z innymi terenami. Przede wszystkim chodzi więc o zamierzenia budowlane, które w sposób trwały wpływają na przyrodę.
Ustawodawca przewidział jednak pewien wyjątek. Otóż, gdy przemawiają za tym wymogi nadrzędnego interesu publicznego i nie ma rozwiązań alternatywnych, właściwy regionalny dyrektor ochrony środowiska (a na obszarach morskich – dyrektor urzędu morskiego) ma prawo zezwolić na realizację działań, które mogą znacząco negatywnie oddziaływać na cele ochrony obszaru Natura 2000. Musi jednak przy tym zapewnić kompensację przyrodniczą niezbędną do właściwego funkcjonowania sieci obszarów. Przez działania związane z interesem publicznym rozumieć należy takie, które realizują ważne wymogi o charakterze społecznym lub gospodarczym. Nie chodzi więc o realizację jednej inwestycji, nawet o dużym zakresie. Musi być ona ważna z publicznego punktu widzenia. Może to być oczywiście przedsięwzięcie o charakterze również prywatnym. Tak więc zawsze przedsiębiorca musi przekonać regionalnego dyrektora ochrony środowiska, że planowane działania są ważne z punktu widzenia publicznego. I nie chodzi tu o ogólnikowe deklaracje, ale o wymierne konkrety w rzeczywistości. Trzeba dodać, że ustawodawca jeszcze mocniej warunkuje zgodę na realizację inwestycji, gdy znaczące negatywne oddziaływanie dotyczy siedlisk i gatunków priorytetowych z punktu widzenia ochrony obszaru Natura 2000. Wtedy zezwolenie może zostać udzielone tylko w celu:
- ochrony zdrowia i życia ludzi,
- zapewnienia bezpieczeństwa powszechnego,
- uzyskania korzystnych następstw o pierwszorzędnym znaczeniu dla środowiska
