Dla przedsiębiorców nie jest jednak jasne, czy mogą stać się beneficjentami programów NCBR, a jeśli tak, to na jakich zasadach. Jedna z podstawowych wątpliwości dotyczy tego, czy przedsiębiorca prowadzi działalność, która z formalnego punktu widzenia może zostać zakwalifikowana jako badania przemysłowe i eksperymentalne prace rozwojowe i czy w związku z tym, przedsiębiorca może ubiegać się o środki w NCBR.
Jednocześnie dla przedsiębiorcy trudne do zidentyfikowania są ryzyka prawne związane ze współpracą z uczelniami wyższymi, instytutami badawczymi, czy instytutami PAN. Ryzyka te mogą wiązać się np. z kwestią ochrony prawnej oraz praw do wyników badań naukowych i prac rozwojowych, których komercjalizacją przedsiębiorca może być zainteresowany.
Przedsiębiorcy mają również wątpliwości, czy w celu uzyskania dofinansowania powinni prowadzić badania naukowe i prace rozwojowe samodzielnie, czy też mogą współpracować z podwykonawcami.
Zgodnie z definicją zawartą w ustawie z 30 kwietnia 2010 r. o zasadach finansowania nauki, przez prowadzenie działalności badawczo – rozwojowej rozumie się działalność twórczą (prowadzenie badań naukowych lub prac rozwojowych), podejmowaną w sposób systematyczny w celu zwiększenia zasobów wiedzy oraz wykorzystania ich do tworzenia nowych zastosowań.
Nowa wiedza oraz umiejętności
W praktyce oznacza to, że aby otrzymać środki z NCBR, przedsiębiorca powinien prowadzić badania przemysłowe, to jest takie, które mają na celu zdobycie nowej wiedzy oraz umiejętności w celu opracowywania nowych produktów, procesów i usług lub wprowadzania znaczących ulepszeń do istniejących produktów, procesów i usług. Przedsiębiorca może również prowadzić prace rozwojowe.