Zgodnie z art. 165b § 1 o.p. w przypadku ujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości w wywiązywaniu się przez kontrolowanego z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego oraz niezłożenia przez podatnika deklaracji lub nieskorygowania jej w całości uwzględniającej ujawnione nieprawidłowości organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej.
Postępowanie podatkowe wszczęte przez organ podatkowy po przeprowadzeniu w danym zakresie kontroli podatkowej ma co do zasady na celu wydanie decyzji, w której zostanie podatnikowi określone zobowiązanie podatkowe w związku z nieprawidłowościami zidentyfikowanymi w toku kontroli. Co do zasady postępowanie podatkowe jest odrębne od kontroli, w którym zarówno organ, jak i strona postępowania mogą korzystać z inicjatywy dowodowej. Należy jednak mieć na uwadze, że organ w dużej mierze opierać się będzie na dokumentach (por. art. 181 o.p.) zgromadzonych w toku kontroli. Może jednak, prowadząc postępowanie podatkowe i gromadząc w jego toku dowody, ustalić, że stan faktyczny był inny, niż zostało to ustalone w protokole kontroli.
W ciągu pół roku
Organ może wszcząć postępowanie nie później niż w terminie sześciu miesięcy od zakończenia kontroli.
Artykuł 165b § 1 o.p. wskazuje jedynie graniczny termin wszczęcia postępowania podatkowego. Postępowanie to może jednak zostać wobec podatnika wszczęte znacznie wcześniej, co de facto skraca skontrolowanemu termin do przeprowadzenia stosownej korekty (prawo to jest ponowne zawieszane w trakcie trwania postępowania podatkowego, a gdy zakończy się ono ostateczną decyzją inną niż umarzająca postępowanie, jest praktycznie już wyłączone).
W literaturze oraz orzecznictwie zgodnie wskazuje się, że termin z art. 165b § 1 o.p. ma charakter przedawniający, tj. po jego upływie wygasa prawo organu do wszczęcia postępowania podatkowego w zakresie objętym wcześniej kontrolą. W tym kontekście należy mieć na uwadze, że za moment wszczęcia postępowania podatkowego uznaje się dzień doręczenia stronie postanowienia o wszczęciu postępowania, a gdy postępowanie zostaje wszczęte na żądanie strony – dzień doręczenia tego żądania organowi podatkowemu (art. 165 o.p.).
