W praktyce kontrolowani często utożsamiają czynności sprawdzające z kontrolą i prowadzonymi w jej ramach czynnościami kontrolnymi. Czynności sprawdzające są jednak odrębnym postępowaniem, uregulowanym w osobnym dziale ordynacji podatkowej (dział V o.p.). Czynności sprawdzające, w przeciwieństwie do kontroli podatkowej, są działaniem w istotnym stopniu odformalizowanym, pozwalającym na uniknięcie prowadzenia kontroli w sytuacjach, gdy jej przeprowadzenia można uniknąć bez szkody dla uprawnień procesowych strony.
Sądy o odrębnościach
Odrębny charakter czynności sprawdzających podkreśla się także w orzecznictwie sądów administracyjnych. Przykładowo w wyroku z 13 kwietnia 2004 r. (I SA/Łd 620/03) (za: Babiarz S., „Ordynacja podatkowa. Komentarz", dostępny w serwisie informacji prawnej LEX) Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi stwierdził, że: „czynności sprawdzające prowadzone w trybie przepisów zawartych w dziale V (art. 272–280) nie są tożsame z kontrolą podatkową, o której mowa w dziale VI (art. 281–292)". Co więcej, należy mieć na uwadze, że postępowania te, jako konkurencyjne, nie mogą być mieszane (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 14 grudnia 2006 r., I FSK 315/06). Tym samym z chwilą wszczęcia kontroli podatkowej kończy się możliwość stosowania wobec kontrolowanego przepisów regulujących czynności sprawdzające i należy stosować przepisy działu VI o.p. (za: Brolik J., „Ordynacja podatkowa. Komentarz", dostępny w serwisie informacji prawnej LEX). Jednocześnie jednak prowadzenie kontroli podatkowej lub czynności sprawdzających w odniesieniu do danego podatku za określony rok podatkowy nie wyłącza możliwości jednoczesnego podjęcia przez organ podatkowy czynności sprawdzających w odniesieniu do podatku za inne lata podatkowe (wyrok NSA z 30 stycznia 2002 r., I SA/Łd 693/00) (za: Ibidem).
Zawsze z urzędu
Czynności sprawdzające, podobnie jak kontrola podatkowa, wszczynane są z urzędu, przy czym analogicznie kształtuje się właściwość organów w tym zakresie. Należy jednak mieć na uwadze, że czynności sprawdzające mają odrębny od kontroli zakres podmiotowy oraz przedmiotowy. Co do zasady czynności sprawdzające podejmowane są w stosunku do podatników składających deklaracje podatkowe oraz wpłacających zadeklarowane podatki. Ich zakres podmiotowy jest więc w zasadzie ograniczony do podatników dokonujących tzw. samoobliczenia podatku oraz do płatników i inkasentów.
W jakim celu
Odmienny od kontroli podatkowej jest także cel czynności sprawdzających. Organy podatkowe przeprowadzają je w szczególności dla (art. 272 o.p.):
1) sprawdzenia terminowości składania deklaracji oraz wpłacania podatków, w tym również pobieranych przez płatników oraz inkasentów, przy czym ustawa zmieniająca o.p. usunęła określenie „zadeklarowanych" podatków, przez co czynnościom sprawdzającym podlega także terminowość wpłacania zaliczek na podatek dochodowy od osób prawnych i fizycznych, które wpłaca się bez obowiązku składania w trakcie roku deklaracji o wysokości uzyskanych dochodów/należnych zaliczek;