Zmiany wynikające z wejścia w życie tych aktów swoim zakresem obejmą m.in. przepisy regulujące postępowanie w sprawach celnych.
Obecnie do postępowania w sprawach celnych stosuje się zasadniczo przepisy krajowego porządku prawnego wynikające z ustawy z 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa, z uwzględnieniem zmian wynikających z przepisów prawa celnego, w szczególności ustawy z 19 marca 2004 r. – Prawo celne.
Od 1 maja 2016 r. postępowanie w sprawach celnych w dużej mierze będzie uregulowane bezpośrednio na poziomie regulacji celnych obowiązujących jednolicie w całej Unii Europejskiej. Natomiast znaczenie krajowych regulacji proceduralnych ulegnie istotnemu ograniczeniu. W szczególności postępowanie w sprawie wydawania decyzji celnych w pierwszej instancji zostanie „przekazane" prawodawstwu unijnemu. Istotnym modyfikacjom ulegną m.in. terminy wydawania decyzji, zasady unieważniania, cofnięcia bądź zmiany decyzji ostatecznych. Definicja decyzji na gruncie nowych regulacji obejmie swoim zakresem każdy akt wydany przez organy celne odnoszący się do przepisów prawa celnego zawierający orzeczenie w konkretnej sprawie, który pociąga za sobą skutki prawne dla zainteresowanej osoby lub osób.
Na szczególną uwagę zasługuje instytucja tzw. prawa do wysłuchania, stanowiąca w pewnym stopniu rozbudowany odpowiednik obecnie obowiązującej możliwości wypowiedzenia się przez stronę w sprawie zebranego materiału dowodowego w terminie siedmiu dni. Na gruncie Unijnego Kodeksu Celnego, co do zasady organy celne przed wydaniem decyzji negatywnej, będą miały obowiązek nie tylko powiadomienia o możliwości zajęcia stanowiska przez stronę w terminie 30 dni. Będą też zobligowane do przedstawienia podstaw, na których zamierzają oprzeć decyzję.
W nowych przepisach przewidziano również możliwość złożenia odwołania, także w przypadku niewydania przez organ decyzji w terminie. Szczegółowe regulacje procedury odwoławczej pozostawiono jednak ustawodawstwom krajowym. W Polsce taka procedura będzie uregulowana w ustawie – Prawo celne.
