W kontrolowanych szpitalach odnotowano wzrost liczby pacjentów, u których zdiagnozowano zakażenie szpitalne o 8,5%, mimo, że liczba wszystkich hospitalizowanych pacjentów w tym samym okresie spadła o 1,9%. Przykładem szybkiego wzrostu liczby zakażonych pacjentów jest jeden ze szpitali na Mazowszu. Tam od stycznia 2015 r. do czerwca 2017 r. współczynnik zachorowalności wzrósł niemal dwukrotnie z 1,14% do 2,25% (współczynnik pokazuje liczbę zakażonych na 100 pacjentów hospitalizowanych). Najwyższy wzrost, jak wykazała NIK był na Oddziale Anestezjologii i Intensywnej Terapii ( z poziomu 27,35% w 2015 r. do 34,02 % w 2016 r. aż do 41,35 % w 2017 r. Na innych oddziałach też odnotowano wzrosty ale nie tak gwałtowne. Jak wyjaśnił zastępca dyrektora ds. lecznictwa szpitala wzrost liczby zarejestrowanych zakażeń nie jest spowodowany rzeczywistą liczbą zachorowań ale poprawą dostarczanych danych. NIK nie kwestionuje, że na wzrost współczynnika zachorowań mogło wpłynąć ujawnienie przez Zespół Kontroli Zakażeń Szpitalnych większej liczby zakażeń, jednak dynamika wzrostu budzi zaniepokojenie i zdaniem NIK wymaga pogłębionej analizy przyczyn ich występowania.
Izba zwraca też uwagę na prawie trzykrotny wzrost (o 278,7%) między 2015 a 2016 rokiem zakażeń lekoopornymi bakteriami Klebsiella Pneumoniae NDM(+). Najwięcej pacjentów hospitalizowano w województwie mazowieckim 2 757 osób, najmniej w pomorskim i małopolskim po 7 pacjentów. Z informacji Konsultanta Krajowego w dziedzinie mikrobiologii lekarskiej wynika, że ta bakteria w 2015 r. stanowiła najpoważniejszy problem medyczny i epidemiologiczny, dotyczący w szczególności szpitali warszawskich. Charakteryzuje się niezwykle niebezpieczną lekoopornością (na niemal wszystkie antybiotyki). Jednocześnie potrafi się szybko rozprzestrzeniać i utrzymywać w przewodzie pokarmowym przez kilka lat. W latach 2015 - 2017 (I półrocze) w województwie mazowieckim liczba hospitalizowanych pacjentów z jej powodu wynosiła odpowiednio 404, 1316 i 1037.
Poważny problem stanowi też sepsa (posocznica), która jest zespołem objawów spowodowanym nadmierną reakcją organizmu na zakażenie (organizm walcząc z zakażeniem zaczyna niszczyć zdrowe organy). Sepsa stanowi bezpośrednie zagrożenie dla życia. W jej przebiegu dochodzi do niewydolności nerek, wątroby, serca, płuc. Najważniejsze w leczeniu jest możliwie najszybsze podanie antybiotyków. Z danych Narodowego Funduszu Zdrowia wynika, że w badanym przez NIK okresie liczba dorosłych hospitalizowanych z powodu sepsy wyniosła: 2015 r. - 19 053, 2016 r. - 21 522 a w pierwszej połowie 2017 r. - 10 962. Najwięcej, bo prawie jedną piątą (18,5%) leczono w województwie mazowieckim. W tym okresie Narodowy Fundusz Zdrowia zapłacił za leczenie sepsy w ramach kontraktów prawie 450 milionów złotych.
Zdaniem NIK, prowadzenie rejestru sepsy pozwoliłoby na uzyskanie wiarygodnych danych o rozpoznanych przypadkach, niezbędnych do analiz jej objawów, sposobów leczenia i poziomu śmiertelności.
Na wysoki poziom zakażeń, w ocenie NIK, ma wpływ brak wyspecjalizowanego personelu medycznego. W składach Zespołów Kontroli Zakażeń Szpitalnych, powołanych w szpitalach (we wszystkich 18 kontrolowanych takie istniały) brakowało lekarza o wymaganej specjalności, odpowiedniej liczby pielęgniarek epidemiologicznych oraz specjalisty do spraw mikrobiologii.