Przed zastosowaniem proporcji odliczenia VAT– stosunku sprzedaży, do której sprzedawca dolicza VAT, i tej, która, choć objęta przepisami o tym podatku, jest z niego zwolniona – trzeba będzie ustalić jeszcze jedną proporcję. Ta tzw. preproporcja ma pokazywać, w jakim stopniu zakupy podatnika są związane ze sprzedażą opodatkowaną (w tym zwolnioną) i tą, do której dolicza się kwotę podatku, a w jakim z zupełnie innymi czynnościami. To efekt nowelizacji ustawy o VAT i prawa zamówień publicznych.
Poważne zmiany czekają m.in. gminy, które obok prowadzonej działalności gospodarczej pełnią funkcję organu władzy publicznej, w ramach której wykonują czynności nieobjęte regulacjami o VAT.
Podlegającą odliczeniu kwotę podatku od zakupów wykorzystywanych zarówno do celów działalności gospodarczej, jak i do innych, gdy ich przypisanie w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, ustala się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej.
Nie ma jednego uniwersalnego sposobu określenia preproporcji. Art. 86 ust. 2a ustawy o VAT mówi, że powinien on najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Ustawa daje jedynie wskazówki, kiedy należy uznać, że wybrany sposób ustalenia preproporcji odpowiada specyfice zakupów podatnika. Jest tak, gdy:
• zapewnia obniżenie VAT należnego fiskusowi o kwotę VAT z faktur zakupowych wyłącznie w odniesieniu do części kwoty VAT z faktur proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz