We wniosku o wydanie interpretacji firma wyjaśniła, że jest podmiotem leczniczym i prowadzi działalność m.in. w zakresie świadczenia usług medycznych, zarówno na rzecz przedsiębiorców prywatnych, jak i jednostek publicznych. Zapytała czy usługi medycyny pracy – profilaktycznej opieki zdrowotnej polegające na wykonywaniu badań lekarskich wstępnych, okresowych i kontrolnych (m.in. laboratoryjnych, specjalistycznych, psychologicznych, sanitarno-epidemiologicznych) korzystają ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 ustawy o VAT. Chciała się też upewnić, czy wykonywane na zlecenie osób prywatnych badania lekarskie, psychologiczne, które mają umożliwić wpisanie na listę kwalifikowanych pracowników ochrony fizycznej, uzyskanie pozwolenia na broń lub uprawnienia do kierowania pojazdami są opodatkowane 23-proc. stawką VAT.
Fiskus potwierdził stanowisko spółki w zakresie zwolnienia od podatku usług profilaktycznej opieki zdrowotnej i opodatkowania VAT usług medycznych na zlecenie osób prywatnych. Nie zgodził się z nią jednak co do zwolnienia od podatku badań psychologicznych pracowników wykonujących czynności służbowe jako kierowcy pojazdów kat. B, C, D, wózków widłowych i ciężkiego sprzętu budowlanego.
W ocenie urzędników, badania psychologiczne osób kierujących pojazdami zawodowo wykonywane są w celu wydania orzeczenia, poświadczającego, że osoba badana jest zdolna do prowadzenia pojazdów/wykonywania danego zawodu, tj. spełnia warunki do wykonywania określonej działalności zawodowej (np. operatora wózków widłowych lub ciężkiego sprzętu budowlanego). Badania te nie mają więc na celu profilaktyki, zachowania, ratowania, przywracania ani poprawy zdrowia. Tym samym nie korzystają ze zwolnienia z VAT. Usługa medyczna w zakresie zbadania sprawności psychoruchowej także nie ma zasadniczo na celu ochrony zdrowia.
Spółka nie zgadzała się z taką wykładnią przepisów, a WSA w Krakowie uwzględnił jej skargę. Po gruntownej analizie przepisów i orzecznictwa, w tym unijnego, stwierdził, że głównym celem badań psychologicznych nie jest kreowanie orzeczeń dla określenia możliwości wykonywania określonego zawodu. Ich celem wiodącym jest bowiem ochrona zdrowia pracowników, a zaświadczenie jest jedynie pochodną oceny stanu zdrowia pracownika. Przedmiotowe badania są częścią profilaktycznej opieki zdrowotnej nad pracującymi.
W ocenie WSA, badania psychologiczne są elementem badań z zakresu medycyny pracy, a tym samym realizują one cechy profilaktyki zdrowotnej. Dlatego mieszczą się w pojęciu usług z zakresu opieki medycznej, o których mowa w art. 43 ust. 1 pkt 18–19 ustawy o VAT. O profilaktycznym charakterze badań psychologicznych świadczy – zdaniem sędziów – narzucona regularność badań wstępnych, okresowych i kontrolnych przeprowadzanych w ramach medycyny pracy.