Z wniosku o interpretację wynikało, że wnioskodawca jako czynny podatnik VAT jest członkiem dwupodmiotowego konsorcjum, utworzonego w celu uzyskania dofinansowania oraz realizacji projektu. Koszty związane z jego realizacją są finansowane w części z dotacji, a w części odpowiednio ustalonym wkładem własnym spółki i lidera.
Spółka zapytała czy uzyskana przez nią dotacja podlega opodatkowaniu VAT i czy przysługuje jej prawo do odliczenia podatku z faktur dokumentujących zakup towarów i usług, nabywanych przy realizacji projektu (art. 86 ust. 1 z uwzględnieniem art. 88 ustawy o VAT).
Przedstawiając własne stanowisko spółka uznała, że opisane dofinansowanie nie podlega opodatkowaniu VAT, gdyż nie jest dotacją wpływającą na podstawę opodatkowania w rozumieniu art. 29a ustawy o VAT. Ponadto, zdaniem spółki, przysługuje jej prawo do odliczenia VAT naliczonego z faktur dokumentujących zakup towarów i usług, nabywanych w ramach realizacji projektu zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT z uwzględnieniem art. 88 tej ustawy.
Fiskus potwierdził taką wykładnię, ale tylko w zakresie odliczenia. Zauważył, że prowadzone badania naukowe i prace rozwojowe rozwijają wiedzę pracowników spółki, ich doświadczenie i umiejętności w zakresie dziedzin nauki i technologii związanych z prowadzoną przez nią działalnością gospodarczą (dostawą towarów i świadczeniem usług opodatkowanych VAT). Towary i usługi nabywane w ramach projektu są lub będą wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Dotacja będzie zatem miała wpływ na cenę towarów i usług, które spółka sprzedaje lub będzie sprzedawać. Środki te należy więc uznać za dopłatę, która podlega opodatkowaniu.
Rację spółce przyznał dopiero Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku. Po analizie przepisów i orzecznictwa, w tym europejskiego, WSA zauważył, że dla określenia czy dane dotacje są, czy nie są opodatkowane VAT istotne są szczegółowe warunki ich przyznawania, określające cele realizowanego w określonej formie dofinansowania.
